DVOŘÁK, Miroslav, Petra URBANOVÁ and Milena MATEJOVIČOVÁ. Hodnocení kometové analýzy s počítačovou podporou - opakovatelnost a reprodukovatelnost dat (Evaluation of Computer-Assisted Comet Assay - Repeatability and Reproducibility of Data). Chemické listy. Praha: Česká společnost chemická, 2014, vol. 108, No 12, p. 1149-1152. ISSN 0009-2770.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Hodnocení kometové analýzy s počítačovou podporou - opakovatelnost a reprodukovatelnost dat
Name (in English) Evaluation of Computer-Assisted Comet Assay - Repeatability and Reproducibility of Data
Authors DVOŘÁK, Miroslav (203 Czech Republic, belonging to the institution), Petra URBANOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Milena MATEJOVIČOVÁ (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution).
Edition Chemické listy, Praha, Česká společnost chemická, 2014, 0009-2770.
Other information
Original language Czech
Type of outcome Article in a journal
Field of Study 10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
Impact factor Impact factor: 0.272
RIV identification code RIV/00216224:14110/14:00078573
Organization unit Faculty of Medicine
UT WoS 000346508000009
Keywords in English DNA-damage; sensitivity; principles
Tags EL OK, podil
Tags International impact, Reviewed
Changed by Changed by: Ing. Mgr. Věra Pospíšilíková, učo 9005. Changed: 21/1/2015 12:49.
Abstract
Metoda kometové analýzy je založena na migraci poškozené DNA jednotlivých buněk při elektroforéze v agarózovém gelu, její následné vizualizaci (migrující poškozená DNA v gelu vytváří obraz podobný kometě) a hodnocení parametrů poškození DNA. Vizualizaci DNA (komet) lze provádět fluorescenčními barvivy nebo stříbřením. Hodnocení je možné buď počítačovými programy založenými na analýze obrazu, případně členěním do kategorií (např. 0–4) dle míry poškození. V naší práci jsme studovali opakovatelnost a reprodukovatelnost výsledků při použití kombinace alkalickoneutrální kometové analýzy, barvení stříbřením a vyhodnocení s pomocí počítačové podpory.
Abstract (in English)
Evaluation of the alkaline/neutral comet assay combined with Ag staining and computer analysis were performed and afford good repeatability and reproducibility. The present study showed that if an appropriate number of comet results (N=100) is evaluated using LUCIA image analysis, there are no statistically significant differences among operators of various levels of experience. Using public domain software CASP, the results showed a consistent tendency to provide lower average values for the studied variable (% tail DNA) compared with LUCIA software. Yet, this tendency was shown to be statistically insignificant for a majority of comets. If limited to a sub-sample of less damaged comets, the software comparison was statistically significant. This together with the fact that CASP was unable to process heavily damaged comets (>90 % tail DNA) may bring certain limitations to the use of CASP combined with presented protocol. In many respects, the results of analysis using CASP are comparable with the values obtained using the LUCIA software.
PrintDisplayed: 28/7/2024 00:08