D
2015
Automated Cell Segmentation in Phase-Contrast Images based on Classification and Region Growing
STOKLASA, Roman, Lukáš BÁLEK, Pavel KREJČÍ a Petr MATULA
Základní údaje
Originální název
Automated Cell Segmentation in Phase-Contrast Images based on Classification and Region Growing
Vydání
Neuveden, Proceedings of 2015 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 2015. od s. 1447-1451, 5 s. 2015
Nakladatel
Engineering in Medicine and Biology Society
Další údaje
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
paměťový nosič (CD, DVD, flash disk)
Kód RIV
RIV/00216224:14330/15:00082559
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
Klíčová slova anglicky
phase-contrast microscopy; segmentation; classification; superpixel; cells
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
V originále
Cell segmentation in phase-contrast microscopy images remains a challenging problem because of the large variability in subcellular structures and imaging artifacts. In this paper, we present an approach to the automatic segmentation of tightly packed cells in phase-contrast images. We combine the classification of superpixels with the region-growing method to locate cell membrane boundaries. We demonstrate that such a combined approach is able to perform the task of cell detection and segmentation with a high level of precision. On the presented dataset, we achieved 90% precision with 78% recall. The results indicate that this method is suitable for real biological applications.
Návaznosti
MUNI/A/1159/2014, interní kód MU | Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV. | Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty |
|
MUNI/A/1206/2014, interní kód MU | Název: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKOMU) | Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty |
|
MUNI/M/0071/2013, interní kód MU | Název: High-throughput screening of compound libraries aimed on discovery of novel inhibitors of the FGFR/ERK MAP kinase signaling (Akronym: HTS-FGFR) | Investor: Masarykova univerzita, High-throughput screening of compound libraries aimed on discovery of novel inhibitors of the FGFR/ERK MAP kinase signaling, INTERDISCIPLINARY - Mezioborové výzkumné projekty |
|
Zobrazeno: 15. 11. 2024 16:20