JURČÍK, Adam, Jan BYŠKA, Jiří SOCHOR a Barbora KOZLÍKOVÁ. Visibility-Based Approach to Surface Detection of Tunnels in Proteins. In Joaquim Jorge, Luis Paulo Santos, Roman Ďurikovič. 31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics. Bratislava, Slovakia: ACM, 2015. s. 65-72. ISBN 978-1-4503-3693-2. doi:10.1145/2788539.2788548.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Visibility-Based Approach to Surface Detection of Tunnels in Proteins
Autoři JURČÍK, Adam (203 Česká republika, domácí), Jan BYŠKA (203 Česká republika, domácí), Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí) a Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Bratislava, Slovakia, 31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics, od s. 65-72, 8 s. 2015.
Nakladatel ACM
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Slovensko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
Kód RIV RIV/00216224:14330/15:00080777
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-4503-3693-2
Doi http://dx.doi.org/10.1145/2788539.2788548
UT WoS 000380609300009
Klíčová slova anglicky protein;tunnel;Voronoi diagram;visibility;space rasterization
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 1. 4. 2021 12:11.
Anotace
Structural properties of proteins substantially influence their reactivity. Thus, the presence of pathways serving for transportation of a small molecule to the protein active site is crucial. These pathways, called tunnels, are defined by their surroundings --- tunnel lining amino acids (or residues). In consequence, studying these amino acids and their properties is tightly connected with protein reactivity. The set of tunnel lining amino acids detected for a given tunnel can differ with respect to selected algorithm for their computation. The criteria for evaluating their biochemical relevance are different as well, as they can depend on various physico-chemical properties. In this paper we firstly present a novel approach to the detection of tunnel lining amino acids. This approach is more robust in comparison with the existing methods. It is based on the visibility of atoms of the amino acids from the tunnel surface, often derived from the Voronoi diagram. Moreover, the detected set of amino acids is further utilized for an automatic detection of the asymmetric tunnel surface. The results are compared with already existing approaches and the benefits are discussed.
Návaznosti
GAP202/10/1435, projekt VaVNázev: Analýza a vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur
MUNI/A/1206/2014, interní kód MUNázev: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKOMU)
Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 03:30