TRNKA, Tomáš, Stanislav KOZMON, Igor TVAROŠKA a Jaroslav KOČA. Stepwise Catalytic Mechanism via Short-Lived Intermediate Inferred from Combined QM/MM MERP and PES Calculations on Retaining Glycosyltransferase ppGalNAcT2. PLoS Computational Biology. SAN FRANCISCO: PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 2015, roč. 11, č. 4, s. "nestránkováno", 21 s. ISSN 1553-734X. doi:10.1371/journal.pcbi.1004061.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Stepwise Catalytic Mechanism via Short-Lived Intermediate Inferred from Combined QM/MM MERP and PES Calculations on Retaining Glycosyltransferase ppGalNAcT2
Autoři TRNKA, Tomáš (203 Česká republika, domácí), Stanislav KOZMON (703 Slovensko, domácí), Igor TVAROŠKA (703 Slovensko, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání PLoS Computational Biology, SAN FRANCISCO, PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 2015, 1553-734X.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 4.587
Kód RIV RIV/00216224:14310/15:00083119
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004061
UT WoS 000354517600002
Klíčová slova anglicky POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE; ENZYMATIC GLYCOSYL TRANSFER; ACETYL-D-GALACTOSAMINE; UDP-GALNAC; GALACTOSYLTRANSFERASE LGTC; DENSITY FUNCTIONALS; INTEGRATION SCHEME; CORRELATION-ENERGY; TRANSITION-STATE; LECTIN DOMAIN
Štítky AKR, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Ing. Andrea Mikešková, učo 137293. Změněno: 12. 4. 2016 13:04.
Anotace
The glycosylation of cell surface proteins plays a crucial role in a multitude of biological processes, such as cell adhesion and recognition. To understand the process of protein glycosylation, the reaction mechanisms of the participating enzymes need to be known. However, the reaction mechanism of retaining glycosyltransferases has not yet been sufficiently explained. Here we investigated the catalytic mechanism of human isoform 2 of the retaining glycosyltransferase polypeptide UDP-GalNAc transferase by coupling two different QM/MM-based approaches, namely a potential energy surface scan in two distance difference dimensions and a minimum energy reaction path optimisation using the Nudged Elastic Band method. Potential energy scan studies often suffer from inadequate sampling of reactive processes due to a predefined scan coordinate system. At the same time, path optimisation methods enable the sampling of a virtually unlimited number of dimensions, but their results cannot be unambiguously interpreted without knowledge of the potential energy surface. By combining these methods, we have been able to eliminate the most significant sources of potential errors inherent to each of these approaches. The structural model is based on the crystal structure of human isoform 2. In the QM/MM method, the QM region consists of 275 atoms, the remaining 5776 atoms were in the MM region. We found that ppGalNAcT2 catalyzes a same-face nucleophilic substitution with internal return (SNi). The optimized transition state for the reaction is 13.8 kcal/mol higher in energy than the reactant while the energy of the product complex is 6.7 kcal/mol lower. During the process of nucleophilic attack, a proton is synchronously transferred to the leaving phosphate. The presence of a short-lived metastable oxocarbenium intermediate is likely, as indicated by the reaction energy profiles obtained using high-level density functionals.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
286154, interní kód MUNázev: SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future (Akronym: SYLICA)
Investor: Evropská unie, SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future, Kapacity
Typ Název Vložil/a Vloženo Práva
journal.pcbi.1004061.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru Trnka, T. 15. 6. 2015

Vlastnosti

Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/1300938/journal.pcbi.1004061.pdf
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/1300938/journal.pcbi.1004061.pdf
Adresa do Správce
https://is.muni.cz/auth/publication/1300938/journal.pcbi.1004061.pdf?info
Ze světa do Správce
https://is.muni.cz/publication/1300938/journal.pcbi.1004061.pdf?info
Vloženo
Po 15. 6. 2015 12:16, Ing. Tomáš Trnka, Ph.D.

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Mgr. Stanislav Kozmon, Ph.D., učo 106637
  • osoba Ing. Igor Tvaroška, DrSc., učo 115933
  • osoba Ing. Andrea Mikešková, učo 137293
  • osoba Ing. Tomáš Trnka, Ph.D., učo 395845
  • osoba prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610
Atributy
 

journal.pcbi.1004061.pdf

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/1300938/journal.pcbi.1004061.pdf
Adresa ze světa
http://is.muni.cz/publication/1300938/journal.pcbi.1004061.pdf
Typ souboru
PDF (application/pdf)
Velikost
1,1 MB
Hash md5
f23d032a45989110ce06c7327db76e64
Vloženo
Po 15. 6. 2015 12:16

journal.pcbi.1004061.txt

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/1300938/journal.pcbi.1004061.txt
Adresa ze světa
http://is.muni.cz/publication/1300938/journal.pcbi.1004061.txt
Typ souboru
holý text (text/plain)
Velikost
68,6 KB
Hash md5
b543143658e3b1bd8e3a03e764d3b314
Vloženo
Po 15. 6. 2015 12:27
Vytisknout
Nahlásit neoprávněně vložený soubor Zobrazeno: 25. 6. 2022 19:09