RÉBLOVÁ, Kamila, Petr KULHÁNEK a Lenka FAJKUSOVÁ. Computational study of missense mutations in phenylalanine hydroxylase. Journal of Molecular Modeling. New York: SPRINGER, 2015, roč. 21, č. 4, s. "nestránkováno", 10 s. ISSN 1610-2940. doi:10.1007/s00894-015-2620-6.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Computational study of missense mutations in phenylalanine hydroxylase
Název česky Počítačová studie missense mutací fenylalaninehydroxylázy
Autoři RÉBLOVÁ, Kamila (203 Česká republika, garant, domácí), Petr KULHÁNEK (203 Česká republika, domácí) a Lenka FAJKUSOVÁ (203 Česká republika, domácí).
Vydání Journal of Molecular Modeling, New York, SPRINGER, 2015, 1610-2940.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 1.438
Kód RIV RIV/00216224:14740/15:00083364
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.1007/s00894-015-2620-6
UT WoS 000351477800004
Klíčová slova anglicky mutations; computations; MD simulations; genetic disease;
Štítky podil, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 30. 3. 2016 13:41.
Anotace
Hyperphenylalaninemia (HPA) is one of the most common metabolic disorders. HPA, which is transmitted by an autosomal recessive mode of inheritance, is caused by mutations of the phenylalanine hydroxylase gene. Most mutations are missense and lead to reduced protein stability and/or impaired catalytic function. The impact of such mutations varies, ranging from classical phenylketonuria (PKU), mild PKU, to non-PKU HPA phenotypes. Despite the fact that HPA is a monogenic disease, clinical data show that one PKU genotype can be associated with more in vivo phenotypes, which indicates the role of other (still unknown) factors. To better understand the phenotype–genotype relationships, we analyzed computationally the impact of missense mutations in homozygotes stored in the BIOPKU database. A total of 34 selected homozygous genotypes was divided into two main groups according to their phenotypes: (A) genotypes leading to non-PKU HPA or combined phenotype non-PKU HPA/mild PKU and (B) genotypes leading to classical PKU, mild PKU or combined phenotype mild PKU/classical PKU. Combining in silico analysis and molecular dynamics simulations (in total 3000 ns) we described the structural impact of the mutations, which allowed us to separate 32 out of 34 mutations between groups A and B. Testing the simulation conditions revealed that the outcome of mutant simulations can be modulated by the ionic strength.We also employed programs SNPs3D, Polyphen-2, and SIFT but based on the predictions performed we were not able to discriminate mutations with mild and severe PKU phenotypes.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.20.0045, projekt VaVNázev: Podpora profesního růstu a mezinárodní integrace výzkumných týmů v oblasti molekulární medicíny
VytisknoutZobrazeno: 16. 5. 2022 15:08