WILLING, Eva-Maria, Vimal RAWAT, Terezie MANDÁKOVÁ, Florian MAUMUS, Geo Velikkakam JAMES, Karl J. V. NORDSTROM, Claude BECKER, Norman WARTHMANN, Claudia CHICA, Bogna SZARZYNSKA, Matthias ZYTNICKI, Maria C. ALBANI, Christiane KIEFER, Sara BERGONZI, Loren CASTAINGS, Julieta L. MATEOS, Markus C. BERNS, Nora BUJDOSO, Thomas PIOFCZYK, Laura DE LORENZO, Cristina BARRERO-SICILIA, Isabel MATEOS, Mathieu PIEDNOEL, Joerg HAGMANN, Romy CHEN-MIN-TAO, Raquel IGLESIAS-FERNANDEZ, Stephan C. SCHUSTER, Carlos ALONSO-BLANCO, Francois ROUDIER, Pilar CARBONERO, Javier PAZ-ARES, Seth J. DAVIS, Aleš PEČINKA, Hadi QUESNEVILLE, Vincent COLOT, Martin LYSÁK, Detlef WEIGEL, George COUPLAND a Korbinian SCHNEEBERGER. Genome expansion of Arabis alpina linked with retrotransposition and reduced symmetric DNA methylation. NATURE PLANTS. LONDON: NATURE PUBLISHING GROUP, roč. 1, č. 2, s. 1-7. ISSN 2055-026X. doi:10.1038/NPLANTS.2014.23. 2015.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Genome expansion of Arabis alpina linked with retrotransposition and reduced symmetric DNA methylation
Autoři WILLING, Eva-Maria (276 Německo), Vimal RAWAT (276 Německo), Terezie MANDÁKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Florian MAUMUS (250 Francie), Geo Velikkakam JAMES (276 Německo), Karl J. V. NORDSTROM (276 Německo), Claude BECKER (276 Německo), Norman WARTHMANN (276 Německo), Claudia CHICA (250 Francie), Bogna SZARZYNSKA (250 Francie), Matthias ZYTNICKI (250 Francie), Maria C. ALBANI (276 Německo), Christiane KIEFER (276 Německo), Sara BERGONZI (276 Německo), Loren CASTAINGS (276 Německo), Julieta L. MATEOS (276 Německo), Markus C. BERNS (276 Německo), Nora BUJDOSO (276 Německo), Thomas PIOFCZYK (276 Německo), Laura DE LORENZO (724 Španělsko), Cristina BARRERO-SICILIA (724 Španělsko), Isabel MATEOS (724 Španělsko), Mathieu PIEDNOEL (276 Německo), Joerg HAGMANN (276 Německo), Romy CHEN-MIN-TAO (250 Francie), Raquel IGLESIAS-FERNANDEZ (724 Španělsko), Stephan C. SCHUSTER (840 Spojené státy), Carlos ALONSO-BLANCO (724 Španělsko), Francois ROUDIER (724 Španělsko), Pilar CARBONERO (724 Španělsko), Javier PAZ-ARES (724 Španělsko), Seth J. DAVIS (276 Německo), Aleš PEČINKA (203 Česká republika), Hadi QUESNEVILLE (250 Francie), Vincent COLOT (250 Francie), Martin LYSÁK (203 Česká republika, garant, domácí), Detlef WEIGEL (276 Německo), George COUPLAND (276 Německo) a Korbinian SCHNEEBERGER (276 Německo).
Vydání NATURE PLANTS, LONDON, NATURE PUBLISHING GROUP, 2015, 2055-026X.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Velká Británie a Severní Irsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14740/15:00081444
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.1038/NPLANTS.2014.23
UT WoS 000364389500001
Klíčová slova anglicky ARABIDOPSIS-THALIANA; PROVIDES INSIGHT; EVOLUTION; LYRATA; DIVERGENCE; SEQUENCE; REVEALS; SIZE
Štítky rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 5. 4. 2016 13:39.
Anotace
Despite evolutionary conserved mechanisms to silence transposable element activity, there are drastic differences in the abundance of transposable elements even among closely related plant species. We conducted a de novo assembly for the 375 Mb genome of the perennial model plant, Arabis alpina. Analysing this genome revealed long-lasting and recent transposable element activity predominately driven by Gypsy long terminal repeat retrotransposons, which extended the low-recombining pericentromeres and transformed large formerly euchromatic regions into repeat-rich pericentromeric regions. This reduced capacity for long terminal repeat retrotransposon silencing and removal in A. alpina co-occurs with unexpectedly low levels of DNA methylation. Most remarkably, the striking reduction of symmetrical CG and CHG methylation suggests weakened DNA methylation maintenance in A. alpina compared with Arabidopsis thaliana. Phylogenetic analyses indicate a highly dynamic evolution of some components of methylation maintenance machinery that might be related to the unique methylation in A. alpina.
Návaznosti
EE2.3.20.0189, projekt VaVNázev: Rozvoj výzkumné excelence v oblasti evoluční cytogenomiky, epigenetiky a buněčné signalizace
EE2.3.30.0037, projekt VaVNázev: Zaměstnáním nejlepších mladých vědců k rozvoji mezinárodní spolupráce
GBP501/12/G090, projekt VaVNázev: Evoluce a funkce komplexních genomů rostlin
VytisknoutZobrazeno: 28. 3. 2024 11:01