ISLAM, Barira, Petr STADLBAUER, Miroslav KREPL, Jaroslav KOČA, Stephen NEIDLE, Shozeb HAIDER a Jiří ŠPONER. Extended molecular dynamics of a c-kit promoter quadruplex. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2015, roč. 43, č. 18, s. 8673-8693. ISSN 0305-1048. doi:10.1093/nar/gkv785.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Extended molecular dynamics of a c-kit promoter quadruplex
Autoři ISLAM, Barira (356 Indie, domácí), Petr STADLBAUER (203 Česká republika), Miroslav KREPL (203 Česká republika), Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí), Stephen NEIDLE (203 Česká republika), Shozeb HAIDER (203 Česká republika) a Jiří ŠPONER (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Nucleic Acids Research, Oxford, Oxford University Press, 2015, 0305-1048.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Velká Británie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 9.202
Kód RIV RIV/00216224:14740/15:00086620
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv785
UT WoS 000366406500014
Klíčová slova anglicky TELOMERIC G-QUADRUPLEX; INTRAMOLECULAR DNA QUADRUPLEXES; GASTROINTESTINAL STROMAL TUMOR; PARALLEL G-QUADRUPLEXES; PARTICLE MESH EWALD; AMBER FORCE-FIELD; G-TRACT LENGTH; RNA LOOP-E; NUCLEIC-ACIDS; ION-BINDING
Štítky OA, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 5. 4. 2016 15:51.
Anotace
The 22-mer c-kit promoter sequence folds into a parallel-stranded quadruplex with a unique structure, which has been elucidated by crystallographic and NMR methods and shows a high degree of structural conservation. We have carried out a series of extended (up to 10 mu s long, similar to 50 mu s in total) molecular dynamics simulations to explore conformational stability and loop dynamics of this quadruplex. Unfolding no-salt simulations are consistent with a multi-pathway model of quadruplex folding and identify the single-nucleotide propeller loops as the most fragile part of the quadruplex. Thus, formation of propeller loops represents a peculiar atomistic aspect of quadruplex folding. Unbiased simulations reveal mu s-scale transitions in the loops, which emphasizes the need for extended simulations in studies of quadruplex loops. We identify ion binding in the loops which may contribute to quadruplex stability. The long lateral-propeller loop is internally very stable but extensively fluctuates as a rigid entity. It creates a size-adaptable cleft between the loop and the stem, which can facilitate ligand binding. The stability gain by forming the internal network of GA base pairs and stacks of this loop may be dictating which of the many possible quadruplex topologies is observed in the ground state by this promoter quadruplex.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.30.0037, projekt VaVNázev: Zaměstnáním nejlepších mladých vědců k rozvoji mezinárodní spolupráce
VytisknoutZobrazeno: 16. 5. 2022 15:17