KRONE, Michael, Barbora KOZLÍKOVÁ, Norbert LINDOW, Marc BAADEN, Daniel BAUM, Julius PARULEK, Hans-Christian HEGE a Ivan VIOLA. Visual Analysis of Biomolecular Cavities: State of the Art. Computer Graphics Forum. The Eurographics Association and John Wiley & Sons Ltd., 2016, roč. 35, č. 3, s. 527-551. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.12928.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Visual Analysis of Biomolecular Cavities: State of the Art
Autoři KRONE, Michael (276 Německo), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí), Norbert LINDOW (276 Německo), Marc BAADEN (250 Francie), Daniel BAUM (276 Německo), Julius PARULEK (703 Slovensko), Hans-Christian HEGE (276 Německo) a Ivan VIOLA (703 Slovensko).
Vydání Computer Graphics Forum, The Eurographics Association and John Wiley & Sons Ltd. 2016, 0167-7055.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Švýcarsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 1.611
Kód RIV RIV/00216224:14330/16:00090248
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1111/cgf.12928
UT WoS 000379912300054
Klíčová slova anglicky biomolecules;visualization;visual analysis;cavity
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:56.
Anotace
In this report we review and structure the branch of molecular visualization that is concerned with the visual analysis of cavities in macromolecular protein structures. First the necessary background, the domain terminology, and the goals of analytical reasoning are introduced. Based on a comprehensive collection of relevant research works, we present a novel classification for cavity detection approaches and structure them into four distinct classes: grid-based, Voronoi-based, surface-based, and probe-based methods. The subclasses are then formed by their combinations. We match these approaches with corresponding visualization technologies starting with direct 3D visualization, followed with non-spatial visualization techniques that for example abstract the interactions between structures into a relational graph, straighten the cavity of interest to see its profile in one view, or aggregate the time sequence into a single contour plot. We also discuss the current state of methods for the visual analysis of cavities in dynamic data such as molecular dynamics simulations. Finally, we give an overview of the most common tools that are actively developed and used in the structural biology and biochemistry research. Our report is concluded by an outlook on future challenges in the field.
Návaznosti
7AMB15AT018, projekt VaVNázev: Vizualizace a interaktivní prozkoumávání dynamického chování velkých molekulárních systémů
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Aktivita MOBILITY
VytisknoutZobrazeno: 27. 1. 2021 06:18