D
2016
High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study
DEMKO, Martin; Nikola BENEŠ; Luboš BRIM; Samuel PASTVA; David ŠAFRÁNEK et. al.
Základní údaje
Originální název
High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study
Vydání
LNBI 9859. Neuveden, Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016. od s. 82-97, 16 s. 2016
Nakladatel
Springer International Publishing
Další údaje
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
tištěná verze "print"
Impakt faktor
Impact factor: 0.402 v roce 2005
Kód RIV
RIV/00216224:14330/16:00088099
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
EID Scopus
2-s2.0-84988531118
Klíčová slova anglicky
model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
V originále
Complex behaviour arising in biological systems is described by highly parameterised dynamical models. Most of the parameters are mutually dependent and therefore it is hard and computationally demanding to find admissible parameter values with respect to hypothesised constraints and wet-lab measurements. Recently, we have developed several high-performance techniques for parameter synthesis that are based on parallel coloured model checking. These methods allow to obtain parameter values that guarantee satisfaction of a given set of dynamical properties and parameter constraints. In this paper, we review the applicability of our techniques in the context of biological systems. In particular, we provide an extended analysis of a genetic switch controlling the regulation in mammalian cell cycle phase transition and a synthetic pathway for biodegradation of a toxic pollutant in E. coli.
Návaznosti
GA15-11089S, projekt VaV | Název: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů | Investor: Grantová agentura ČR, Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů |
|
LM2015055, projekt VaV | Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS) | Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology |
|
MUNI/A/0945/2015, interní kód MU | Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V. | Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty |
|
Zobrazeno: 5. 10. 2025 01:27