PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK a Luděk MATYSKA. Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgicko: EUROSIS - ETI, 2016. s. 267-274, 8 s. ISBN 978-90-77381-95-3.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation
Autoři PAZÚRIKOVÁ, Jana (703 Slovensko, garant, domácí), Aleš KŘENEK (203 Česko, domácí) a Luděk MATYSKA (203 Česko, domácí).
Vydání Ghent, Belgicko, Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference, od s. 267-274, 8 s. 2016.
Nakladatel EUROSIS - ETI
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Belgie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
Kód RIV RIV/00216224:14330/16:00091643
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-90-77381-95-3
Klíčová slova anglicky optimization problem; computational chemistry; atomic charges; local vs. global optimization
Štítky firank_B
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086. Změněno: 30. 11. 2016 10:54.
Anotace
Current advances in hardware and algorithm develop- ment allow the life science researchers to replace the experiment with a computer simulation. A key ob- ject of these computations is a molecule - a group of atoms interconnected via a cloud of electrons. For its computational processing, electrons around the atom are often represented by one number: partial atomic charge. It can be calculated by quantum mechan- ics (QM), which offers high accuracy at the cost of long computation time, or markedly faster by empirical methods such as Electronegativity Equalization Method (EEM). Empirical methods calibrate their parameters to the particular QM charge calculation approach by multi-dimensional optimization procedure. This work systematically summarizes and compares the accuracy and computational performance of available EEM pa- rameterization approaches with local, global or com- bined optimization (least squares, evolutionary and ge- netic algorithms). Moreover, we propose a new method- ology called guided minimization. We found that local optimization plays a crucial role in the parametrization, and only methodologies combining a global and a lo- cal optimization provide high-quality EEM parameters. Furthermore, we observed that global iterations of evo- lutionary of genetic algorithm often do not contribute to the result. Therefore, we reduced the global search method to guided minimization that achieves same or better accuracy than state-of-the-art methods and sur- passes them with simplicity and speed.
Návaznosti
LM2015085, projekt VaVNázev: CERIT Scientific Cloud (Akronym: CERIT-SC)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velké infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace
MUNI/A/0945/2015, interní kód MUNázev: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V.
Investor: Masarykova univerzita, Grantová agentura MU, Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
Typ Název Vložil/a Vloženo Práva
ESM2016-1.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru Hozzová, J. 24. 4. 2018

Práva

Právo číst
 
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., učo 1904
  • osoba Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
  • osoba Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498
Atributy
 
OPT_04.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru Hozzová, J. 14. 11. 2016

Práva

Právo číst
  • kdokoliv přihlášený v ISu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., učo 1904
  • osoba Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
  • osoba Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498
Atributy
 
paper.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru Hozzová, J. 9. 5. 2018

Vlastnosti

Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/1360275/paper.pdf
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/1360275/paper.pdf
Adresa do Správce
https://is.muni.cz/auth/publication/1360275/paper.pdf?info
Ze světa do Správce
https://is.muni.cz/publication/1360275/paper.pdf?info
Vloženo
St 9. 5. 2018 16:23, Ing. Jana Hozzová, Ph.D.

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., učo 1904
  • osoba Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
  • osoba Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498
Atributy
 

paper.pdf

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/1360275/paper.pdf
Adresa ze světa
http://is.muni.cz/publication/1360275/paper.pdf
Typ souboru
PDF (application/pdf)
Velikost
2,4 MB
Hash md5
edc80095fb1da4248b3c5e57b8e1edb9
Vloženo
St 9. 5. 2018 16:23

paper.txt

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/1360275/paper.txt
Adresa ze světa
http://is.muni.cz/publication/1360275/paper.txt
Typ souboru
holý text (text/plain)
Velikost
33,9 KB
Hash md5
12c6400c22b69eaa264923acd864c63f
Vloženo
St 9. 5. 2018 16:33
Vytisknout
Požádat autora o autorský výtisk
Nahlásit neoprávněně vložený soubor Zobrazeno: 3. 7. 2020 22:57