Vývoj genově specifických DNA markerů pro skríning rostlin ve šlechtění jetele lučního

ŘEPKOVÁ, Jana, Jana DLUHOŠOVÁ, Jan NEDĚLNÍK and Hana JAKEŠOVÁ. Vývoj genově specifických DNA markerů pro skríning rostlin ve šlechtění jetele lučního (Development of gene specific DNA markers for plant screening in red clover breeding). Online. Úroda. Praha: Státní zemědělské nakladatelství, 2016, vol. 2016, No 12, p. 181-184. ISSN 0139-6013. [citováno 2024-04-24]

Basic information

• Original name: Vývoj genově specifických DNA markerů pro skríning rostlin ve šlechtění jetele lučního
• Name in Czech: Vývoj genově specifických DNA markerů pro skríning rostlin ve šlechtění jetele lučního
• Name (in English): Development of gene specific DNA markers for plant screening in red clover breeding
• Authors: ŘEPKOVÁ, Jana (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Jana DLUHOŠOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jan NEDĚLNÍK (203 Czech Republic) and Hana JAKEŠOVÁ (203 Czech Republic)
• Edition: Úroda, Praha, Státní zemědělské nakladatelství, 2016, 0139-6013.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/16:00087684
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords (in Czech): Trifolium pratense; SSR; genetická diverzita
• Keywords in English: Trifolium pratense; SSR; genetic diversity
• Tags: AKR, rivok
• Tags: Reviewed

Abstract

Jetel luční (Trifolium pratense) je celosvětově důležitá pícnina. Cílem práce byla identifikace SSR (simple sequence repeat) markerů v kódujících sekvencích pro celý genom. Charakterizovali jsme 4005 potenciálních markerů s produkty amplifikace 100 až 350 bp. Hustota markerů byla jeden SSR na 12,39 kbp. Celkem 95 SSR v kódujících sekvencích bylo validováno pro 50 českých i zahraničních odrůd jetele lučního a byla získána kolekce 22 vysoce polymorfních markerů s PIC (polymorphism information content) > 0.9. Tyto makery jsou vhodné pro studium diverzity u T. pratense a pro celogenomové studie vyhledávání markerů ve specifických genech využitelných ve šlechtění jetele lučního. Informace o příbuzenských vztazích u šlechtitelského materiálu jsou využitelné pro plánování křížení, ale i ochranu práv šlechtitelů prostřednictvím identifikace odrůd.

Abstract (in English)

Red clover (Trifolium pratense) is an important forage plant worldwide. We characterized 4,005 potential simple sequence repeat (SSR) markers generating polymerase chain reaction products preferentially within 100 to 350 bp. Marker density of 1 SSR marker per 12.39 kbp was achieved. Altogether, 95 SSRs in coding sequences were analysed for 50 red clover varieties and a collection of 22 highly polymorphic SSRs with PIC (polymorphism information content) > 0.9 was generated, thus obtaining primer pairs for application to diversity studies in T. pratense. Predicted large sets of SSRs throughout the genome are key to rapidly implementing genome-based breeding approaches. Detailed knowledge of genetic relationships among breeding materials can also be useful for breeders in planning crosses or for plant variety protection.

Links

• QI111A019, research and development project: Name: Nové genomické postupy pro šlechtění cizosprašných plodin na zlepšení užitkových vlastností (Acronym: HJ2010)

Investor: Ministry of Agriculture of the CR, Sustainable development of agrarian sector