VAD, Viktor, Jan BYŠKA, Adam JURČÍK, Ivan VIOLA, Eduard M. GRÖLLER, Helwig HAUSER, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Watergate: Visual Exploration of Water Trajectories in Protein Dynamics. In S. Bruckner, A. Hennemuth, and B. Kainz. Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Bremen, Germany: Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, 2017. s. 33-42. ISBN 978-3-03868-036-9.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Watergate: Visual Exploration of Water Trajectories in Protein Dynamics
Autoři VAD, Viktor (348 Maďarsko), Jan BYŠKA (203 Česká republika), Adam JURČÍK (203 Česká republika, domácí), Ivan VIOLA (703 Slovensko), Eduard M. GRÖLLER (40 Rakousko), Helwig HAUSER (40 Rakousko), Sérgio Manuel MARQUES (620 Portugalsko, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí) a Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Bremen, Germany, Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, od s. 33-42, 10 s. 2017.
Nakladatel Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
Kód RIV RIV/00216224:14330/17:00094923
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-3-03868-036-9
Klíčová slova anglicky Protein;water molecule;trajectory;visualization
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 26. 4. 2018 12:43.
Anotace
The function of proteins is tightly related to their interactions with other molecules. The study of such interactions often requires to track the molecules that enter or exit specific regions of the proteins. This is investigated with molecular dynamics simulations, producing the trajectories of thousands of water molecules during hundreds of thousands of time steps. To ease the exploration of such rich spatio-temporal data, we propose a novel workflow for the analysis and visualization of large sets of water-molecule trajectories. Our solution consists of a set of visualization techniques, which help biochemists to classify, cluster, and filter the trajectories and to explore the properties and behavior of selected subsets in detail. Initially, we use an interactive histogram and a time-line visualization to give an overview of all water trajectories and select the interesting ones for further investigation. Further, we depict clusters of trajectories in a novel 2D representation illustrating the flows of water molecules. These views are interactively linked with a 3D representation where we show individual paths, including their simplification, as well as extracted statistical information displayed by isosurfaces. The proposed solution has been designed in tight collaboration with experts to support specific tasks in their scientific workflows. They also conducted several case studies to evaluate the usability and effectiveness of our new solution with respect to their research scenarios. These confirmed that our proposed solution helps in analyzing water trajectories and in extracting the essential information out of the large amount of input data.
Návaznosti
GA16-07965S, projekt VaVNázev: Řízená evoluce dynamických elementů v enzymech s využitím mikrofluidních čipů
Investor: Grantová agentura ČR, Řízená evoluce dynamických elementů v enzymech s využitím mikrofluidních čipů
LM2015047, projekt VaVNázev: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data
LM2015051, projekt VaVNázev: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX RI)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumná infrastruktura RECETOX
LM2015055, projekt VaVNázev: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology
LO1214, projekt VaVNázev: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 12:52