VONÁSEK, Vojtěch a Barbora KOZLÍKOVÁ. Tunnel detection in protein structures using sampling-based motion planning. In Krzysztof Kozłowski. Robot Motion and Control (RoMoCo), 2017 11th International Workshop on. Wasowo, Poland: IEEE, 2017. s. 185-192. ISBN 978-1-5386-3926-9. doi:10.1109/RoMoCo.2017.8003911.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Tunnel detection in protein structures using sampling-based motion planning
Autoři VONÁSEK, Vojtěch (203 Česká republika, garant) a Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí).
Vydání Wasowo, Poland, Robot Motion and Control (RoMoCo), 2017 11th International Workshop on, od s. 185-192, 8 s. 2017.
Nakladatel IEEE
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
Kód RIV RIV/00216224:14330/17:00097512
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-5386-3926-9
Doi http://dx.doi.org/10.1109/RoMoCo.2017.8003911
UT WoS 000442538300027
Klíčová slova anglicky Protein;tunnel;motion planning;molecular dynamics
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:40.
Anotace
Proteins are involved in many biochemical processes. Behavior and properties of proteins as well as other bio-macromolecules is influenced by internal void space such as tunnels or cavities. Tunnels are paths leading from an active site inside the protein to its surface. Knowledge about tunnels and their evolution in time provides an insight into protein properties (e.g., stability). Motion planning methods, especially sampling-based techniques like Rapidly Exploring Random Tree (RRT), can be used to find the tunnels by sampling the corresponding configuration space. Void space of proteins is however very limited, which may decrease ability of RRT to find a solution due to the narrow passage problem. In this paper, we propose to generate the random samples around a subset of vertices of Voronoi Diagram of the atoms. The subset is maintained automaticaly to support generation of samples on multiple paths of VD simultaneously.
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 03:32