R 2017

CaverDock 1.0

FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES et. al.

Základní údaje

Originální název

CaverDock 1.0

Název česky

CaverDock 1.0

Autoři

FILIPOVIČ, Jiří (203 Česká republika, domácí), Ondřej VÁVRA (203 Česká republika, domácí), Jan PLHÁK (203 Česká republika, domácí), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí), Sérgio Manuel MARQUES (620 Portugalsko, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Luděk MATYSKA (203 Česká republika, domácí) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

2017

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Software

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14610/17:00098438

Organizační jednotka

Ústav výpočetní techniky

Klíčová slova anglicky

CaverDock;transport processes in proteins

Technické parametry

Software je dokončen a uvolněn uživatelům na adrese: https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/ kontaktní osoba prof. Damborský, UKB-Kamenice 5/A13, Brno 62500, tel.549493467, jiri@chemi.muni.cz

Štítky

rivok

Příznaky

Mezinárodní význam
Změněno: 1. 3. 2019 11:24, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Anotace

ORIG CZ

V originále

CaverDock is a software tool for rapid analysis of transport processes in proteins. It models the transportation of a ligand - a substrate, a product, an inhibitor, a co-factor or a co-solvent - from outside environment into the protein active or binding site and vice versa. The input for the calculation is a protein structure in PDB format and a ligand structure in the PDBQ format. The outputs are ligand’s trajectory and energetic profile. CaverDock implements a novel algorithm which is based on molecular docking and is able to produce contiguous ligand trajectory and estimation of a binding energy along the pathway. The current version of CaverDock uses CAVER for pathway identification and heavily modified Autodock Vina as a docking engine. The tool is much faster than molecular dynamic simulations (2-20 min per job), making it suitable even for virtual screening. The software is extremely easy to use as it requires in its minimalistic configuration the setup for AutoDock Vina and geometry of the tunnel.

Česky

CaverDock je softwareový nástroj pro rychlou analýzu transportních procesů v proteinech. Modeluje transport ligandu - substrátu, produktu, inhibitoru, ko-factoru či ko-solventu - z vnějšího prostředí do aktivního/vazebného místa v proteinu či opačným směrem. Vstupem pro výpočet jsou struktury proteinu a ligandu v PDBQT formátu. Výstupem je trajektorie ligandu a energetický profil. CaverDock implementuje zcela nový algoritmus založený na molekulovém dockingu, který je schopen vypočítat souvislou trajektorii ligandu a odhadnout energii jeho transportu. Současná verze CaverDocku používá CAVER pro identifikaci cesty v proteinu a výrazně modifikovaný AutoDock Vina jako dokovací engine. Nástroj je mnohem rychlejší než simulace pomocí molekulové dynamiky (2-20min na úlohu), což jej činní vhodný pro virtuální screening. Software je velmi jednoduchý na použití, jelikož v minimalistické konfiguraci vyžaduje pouze nastavení pro AutoDock Vina a geometrii tunelu.

Návaznosti

MUNI/M/1888/2014, interní kód MU
Název: Pokročilé hybridní metody studia transportních procesů v proteinech a jejich využití v designu biokatalyzátorů
Investor: Masarykova univerzita, Pokročilé hybridní metody studia transportních procesů v proteinech a jejich využití v designu biokatalyzátorů, INTERDISCIPLINARY - Mezioborové výzkumné projekty
Zobrazeno: 23. 12. 2024 13:18