Informační systém MU
FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock 1.0. 2017.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název CaverDock 1.0
Název česky CaverDock 1.0
Autoři FILIPOVIČ, Jiří (203 Česko, domácí), Ondřej VÁVRA (203 Česko, domácí), Jan PLHÁK (203 Česko, domácí), David BEDNÁŘ (203 Česko, domácí), Sérgio Manuel MARQUES (620 Portugalsko, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česko, domácí), Luděk MATYSKA (203 Česko, domácí) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česko, garant, domácí).
Vydání 2017.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Software
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Česko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14610/17:00098438
Organizační jednotka Ústav výpočetní techniky
Klíčová slova anglicky CaverDock;transport processes in proteins
Technické parametry Software je dokončen a uvolněn uživatelům na adrese: https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/ kontaktní osoba prof. Damborský, UKB-Kamenice 5/A13, Brno 62500, tel.549493467, jiri@chemi.muni.cz
Štítky rivok
Příznaky Mezinárodní význam
Změnil Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 1. 3. 2019 11:24.
Anotace
CaverDock is a software tool for rapid analysis of transport processes in proteins. It models the transportation of a ligand - a substrate, a product, an inhibitor, a co-factor or a co-solvent - from outside environment into the protein active or binding site and vice versa. The input for the calculation is a protein structure in PDB format and a ligand structure in the PDBQ format. The outputs are ligand’s trajectory and energetic profile. CaverDock implements a novel algorithm which is based on molecular docking and is able to produce contiguous ligand trajectory and estimation of a binding energy along the pathway. The current version of CaverDock uses CAVER for pathway identification and heavily modified Autodock Vina as a docking engine. The tool is much faster than molecular dynamic simulations (2-20 min per job), making it suitable even for virtual screening. The software is extremely easy to use as it requires in its minimalistic configuration the setup for AutoDock Vina and geometry of the tunnel.
Anotace česky
CaverDock je softwareový nástroj pro rychlou analýzu transportních procesů v proteinech. Modeluje transport ligandu - substrátu, produktu, inhibitoru, ko-factoru či ko-solventu - z vnějšího prostředí do aktivního/vazebného místa v proteinu či opačným směrem. Vstupem pro výpočet jsou struktury proteinu a ligandu v PDBQT formátu. Výstupem je trajektorie ligandu a energetický profil. CaverDock implementuje zcela nový algoritmus založený na molekulovém dockingu, který je schopen vypočítat souvislou trajektorii ligandu a odhadnout energii jeho transportu. Současná verze CaverDocku používá CAVER pro identifikaci cesty v proteinu a výrazně modifikovaný AutoDock Vina jako dokovací engine. Nástroj je mnohem rychlejší než simulace pomocí molekulové dynamiky (2-20min na úlohu), což jej činní vhodný pro virtuální screening. Software je velmi jednoduchý na použití, jelikož v minimalistické konfiguraci vyžaduje pouze nastavení pro AutoDock Vina a geometrii tunelu.
Návaznosti
MUNI/M/1888/2014, interní kód MUNázev: Pokročilé hybridní metody studia transportních procesů v proteinech a jejich využití v designu biokatalyzátorů
Investor: Masarykova univerzita, Grantová agentura MU, Interdisciplinary - Mezioborové výzkumné projekty
Zobrazeno: 5. 8. 2020 13:25