Detailed Information on Publication Record
2018
Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations
PAZÚRIKOVÁ, Jana, Jaroslav OĽHA, Aleš KŘENEK and Vojtěch SPIWOKBasic information
Original name
Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations
Name in Czech
Zrychlení výpočtů průměrných čtvercových vzdáleností s pohyblivou blízkou strukturou v metydynamických simulacích
Authors
Edition
arXiv, 22 pp. arXiv:1801.02362, 2018
Other information
Type of outcome
Výzkumná zpráva
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
References:
Keywords (in Czech)
aproximace, urýchlení, simulace molekulové dynamiky, metadynamika
Keywords in English
approximation, acceleration, molecular dynamics simulation, metadynamics
Tags
International impact
Změněno: 28/1/2019 09:55, Ing. Jana Hozzová, Ph.D.
V originále
Molecular dynamics simulates the movements of atoms. Due to its high cost, many methods have been developed to “push the simulation forward”. One of them, metadynamics, can hasten the molecular dynamics with the help of variables describing the simulated process. However, the evaluation of these variables can include numerous mean square distance calculations that introduce substantial computational demands, thus jeopardize the benefit of the approach. Recently, we proposed an approximative method that signifi- cantly reduces the number of these distance calculations. Here we evaluate the performance and the scalability on two molecular systems. We assess the maximal theoretical speed-up based on the reduction of distance compu- tations and Ahmdal’s law and compare it to the practical speed-up achieved with our implementation.
In Czech
Molekulární dynamika simuluje pohyby atomů. Vzhledem k jejím vysokým výpočetním nákladům bylo vyvinuto mnoho metod pro "posouvání simulace dopředu". Jedna z nich, metadynamika, může zrychlit molekulární dynamiku s pomocí proměnných popisujících simulovaný proces. Avšak vyhodnocení těchto proměnných mohou zahrnovat četné výpočty průměrných čtverečních vzdáleností. Tyto zavádějí vysoké výpočetní požadavky, čímž ohrožují přínos metadynamiky. Nedávno jsme navrhli aproximativní metodu, která výrazně snižuje počet výpočtů vzdálenosti. Zde vyhodnocujeme výkonnost a škálovatelnost na testech se dvěma molekulárními systémy. Posuzujeme maximální teoretické zrychlení a porovnáváme je s praktickým dosažením rychlosti s naší implementací.
Links
| LM2015085, research and development project |
| ||
| MUNI/A/0854/2017, interní kód MU |
|