Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends

SMART, Oliver S., Vladimír HORSKÝ, Swanand GORE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Gerard J. KLEYWEGT a Sameer VELANKAR. Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends. Acta Crystallographica Section D. roč. 74, MAR, s. 237-244. ISSN 2059-7983. doi:10.1107/S2059798318003303. 2018.

Základní údaje

• Originální název: Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends
• Autoři: SMART, Oliver S. (826 Velká Británie a Severní Irsko), Vladimír HORSKÝ (203 Česká republika, domácí), Swanand GORE (826 Velká Británie a Severní Irsko), Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí), Veronika BENDOVÁ (203 Česká republika, domácí), Gerard J. KLEYWEGT (528 Nizozemské království) a Sameer VELANKAR (826 Velká Británie a Severní Irsko).
• Vydání: Acta Crystallographica Section D, 2018, 2059-7983.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10608 Biochemistry and molecular biology
• Stát vydavatele: Velká Británie a Severní Irsko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Impakt faktor: Impact factor: 3.227
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/18:00102378
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• Doi: http://dx.doi.org/10.1107/S2059798318003303
• UT WoS: 000427362000007
• Klíčová slova anglicky: PDB; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; quality control; X-ray crystallography; ValTrendsDB
• Štítky: rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

It is shown how validation metrics can be combined to produce an overall score that allows the ranking of macromolecular structures and domains in search results. Additionally, ValTrendsDB database is presented: It provides users with a convenient way to access and analyse validation information and other properties of X-ray crystal structures in the PDB, including investigating trends in and correlations between different structure properties and validation metrics.

Návaznosti

• LM2015047, projekt VaV: Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data

• MUNI/A/1204/2017, interní kód MU: Název: Matematické statistické modelování 2 (Akronym: MaStaMo2)

Investor: Masarykova univerzita, Matematické statistické modelování 2, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

• 676559, interní kód MU: Název: ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (Akronym: ELIXIR-EXCELERATE)

Investor: Evropská unie, ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences, RI Research Infrastructures (Excellent Science)