Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography

SMART, Oliver S., Vladimír HORSKÝ, Swanand GORE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Gerard J. KLEYWEGT a Sameer VELANKAR. Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography. Online. Acta Crystallographica Section D. 2018, roč. 74, č. 3, s. 228-236. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798318002541. [citováno 2024-04-23]

Základní údaje

• Originální název: Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography
• Autoři: SMART, Oliver S. (826 Velká Británie a Severní Irsko), Vladimír HORSKÝ (203 Česká republika, domácí), Swanand GORE (826 Velká Británie a Severní Irsko), Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí), Veronika BENDOVÁ (203 Česká republika, domácí), Gerard J. KLEYWEGT (528 Nizozemské království) a Sameer VELANKAR (826 Velká Británie a Severní Irsko)
• Vydání: Acta Crystallographica Section D, 2018, 2059-7983.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10608 Biochemistry and molecular biology
• Stát vydavatele: Velká Británie a Severní Irsko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Impakt faktor: Impact factor: 3.227
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/18:00102379
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• Doi: http://dx.doi.org/10.1107/S2059798318002541
• UT WoS: 000427362000006
• Klíčová slova anglicky: PDB; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; ligands; ValTrendsDB
• Štítky: rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

The Worldwide PDB validation report (VR) provides a mechanism to highlight any major issues concerning the quality of the data and the model at the time of deposition and annotation, so the depositors can fix issues, resulting in improved data quality. In this article, the ligand-validation methods used in the generation of the current VRs are described in detail, including an examination of the metrics to assess both geometry and electron-density fit. It is found that the LLDF score currently used to identify ligand electron-density fit outliers can give misleading results and that better ligand-validation metrics are required.

Návaznosti

• LM2015047, projekt VaV: Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data

• LQ1601, projekt VaV: Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020

• MUNI/A/1204/2017, interní kód MU: Název: Matematické statistické modelování 2 (Akronym: MaStaMo2)

Investor: Masarykova univerzita, Matematické statistické modelování 2, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

• 676559, interní kód MU: Název: ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (Akronym: ELIXIR-EXCELERATE)

Investor: Evropská unie, ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences, RI Research Infrastructures (Excellent Science)