MIAO, Haichao, Tobias KLEIN, David KOUŘIL, Peter MINDEK, Karsten SCHATZ, Eduard M. GRÖLLER, Barbora KOZLÍKOVÁ, Tobias ISENBERG a Ivan VIOLA. Multiscale Molecular Visualization. Journal of Molecular Biology. 2019, roč. 431, č. 6, s. 1049-1070. ISSN 0022-2836. doi:10.1016/j.jmb.2018.09.004.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Multiscale Molecular Visualization
Autoři MIAO, Haichao (40 Rakousko), Tobias KLEIN (276 Německo), David KOUŘIL (203 Česká republika), Peter MINDEK (703 Slovensko), Karsten SCHATZ (276 Německo), Eduard M. GRÖLLER (40 Rakousko), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Tobias ISENBERG (276 Německo) a Ivan VIOLA (703 Slovensko, garant).
Vydání Journal of Molecular Biology, 2019, 0022-2836.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10200 1.2 Computer and information sciences
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 4.760
Kód RIV RIV/00216224:14330/19:00107174
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2018.09.004
UT WoS 000463120800001
Klíčová slova anglicky molecular visualization;molecular dynamics;modelitics;DNA nanotechnology;visual abstraction
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2019 17:14.
Anotace
We provide a high-level survey of multiscale molecular visualization techniques, with a focus on application-domain questions, challenges, and tasks. We provide a general introduction to molecular visualization basics and describe a number of domain-specific tasks that drive this work. These tasks, in turn, serve as the general structure of the following survey. First, we discuss methods that support the visual analysis of molecular dynamics simulations. We discuss, in particular, visual abstraction and temporal aggregation. In the second part, we survey multiscale approaches that support the design, analysis, and manipulation of DNA nanostructures and related concepts for abstraction, scale transition, scale-dependent modeling, and navigation of the resulting abstraction spaces. In the third part of the survey, we showcase approaches that support interactive exploration within large structural biology assemblies up to the size of bacterial cells. We describe fundamental rendering techniques as well as approaches for element instantiation, visibility management, visual guidance, camera control, and support of depth perception. We close the survey with a brief listing of important tools that implement many of the discussed approaches and a conclusion that provides some research challenges in the field.
Návaznosti
GC18-18647J, projekt VaVNázev: Vizuální analýza interakcí proteinů a ligandů (Akronym: PROLINT)
Investor: Grantová agentura ČR, Visual Analysis of Protein-Ligand Interactions
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 09:36