DURAN, David, Pedro HERMOSILLA, Timo ROPINSKI, Barbora KOZLÍKOVÁ, Álvar VINACUA a Pere-Pau VAZQUEZ. Visualization of Large Molecular Trajectories. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 2019, roč. 25, č. 1, s. 987-996. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2018.2864851.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Visualization of Large Molecular Trajectories
Autoři DURAN, David (724 Španělsko), Pedro HERMOSILLA (724 Španělsko), Timo ROPINSKI (276 Německo), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Álvar VINACUA (724 Španělsko) a Pere-Pau VAZQUEZ (724 Španělsko, garant).
Vydání IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, 2019, 1077-2626.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10200 1.2 Computer and information sciences
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 4.558
Kód RIV RIV/00216224:14330/19:00107176
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1109/TVCG.2018.2864851
UT WoS 000452640000094
Klíčová slova anglicky Trajectory;Proteins;Three-dimensional displays;Computational modeling;Visualization;Data models;Inspection
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:28.
Anotace
The analysis of protein-ligand interactions is a time-intensive task. Researchers have to analyze multiple physico-chemical properties of the protein at once and combine them to derive conclusions about the protein-ligand interplay. Typically, several charts are inspected, and 3D animations can be played side-by-side to obtain a deeper understanding of the data. With the advances in simulation techniques, larger and larger datasets are available, with up to hundreds of thousands of steps. Unfortunately, such large trajectories are very difficult to investigate with traditional approaches. Therefore, the need for special tools that facilitate inspection of these large trajectories becomes substantial. In this paper, we present a novel system for visual exploration of very large trajectories in an interactive and user-friendly way. Several visualization motifs are automatically derived from the data to give the user the information about interactions between protein and ligand. Our system offers specialized widgets to ease and accelerate data inspection and navigation to interesting parts of the simulation. The system is suitable also for simulations where multiple ligands are involved. We have tested the usefulness of our tool on a set of datasets obtained from protein engineers, and we describe the expert feedback.
Návaznosti
GC18-18647J, projekt VaVNázev: Vizuální analýza interakcí proteinů a ligandů (Akronym: PROLINT)
Investor: Grantová agentura ČR, Visual Analysis of Protein-Ligand Interactions
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 09:27