BYŠKA, Jan, Thomas TRAUTNER, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Manuela WALDNER. Analysis of Long Molecular Dynamics Simulations Using Interactive Focus+Context Visualization. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2019, roč. 38, č. 3, s. 441-453. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.13701.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Analysis of Long Molecular Dynamics Simulations Using Interactive Focus+Context Visualization
Autoři BYŠKA, Jan (203 Česká republika, garant, domácí), Thomas TRAUTNER (40 Rakousko), Sérgio Manuel MARQUES (620 Portugalsko, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Manuela WALDNER (40 Rakousko).
Vydání Computer Graphics Forum, Wiley-Blackwell, 2019, 0167-7055.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10200 1.2 Computer and information sciences
Stát vydavatele Švýcarsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 2.116
Kód RIV RIV/00216224:14330/19:00107361
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1111/cgf.13701
UT WoS 000481468200035
Klíčová slova anglicky Molecular Visualization;Design Studies;Focus + Context Techniques
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:49.
Anotace
Analyzing molecular dynamics (MD) simulations is a key aspect to understand protein dynamics and function. With increasing computational power, it is now possible to generate very long and complex simulations, which are cumbersome to explore using traditional 3D animations of protein movements. Guided by requirements derived from multiple focus groups with protein engineering experts, we designed and developed a novel interactive visual analysis approach for long and crowded MD simulations. In this approach, we link a dynamic 3D focus+context visualization with a 2D chart of time series data to guide the detection and navigation towards important spatio-temporal events. The 3D visualization renders elements of interest in more detail and increases the temporal resolution dependent on the time series data or the spatial region of interest. In case studies with different MD simulation data sets and research questions, we found that the proposed visual analysis approach facilitates exploratory analysis to generate, confirm, or reject hypotheses about causalities. Finally, we derived design guidelines for interactive visual analysis of complex MD simulation data.
Návaznosti
GC18-18647J, projekt VaVNázev: Vizuální analýza interakcí proteinů a ligandů (Akronym: PROLINT)
Investor: Grantová agentura ČR, Visual Analysis of Protein-Ligand Interactions
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 05:58