CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging

WIESNER, David, David SVOBODA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging. Bioinformatics. Oxford University Press, roč. 35, č. 21, s. 4531-4533. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btz417. 2019.

Základní údaje

• Originální název: CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging
• Autoři: WIESNER, David (203 Česká republika, domácí), David SVOBODA (203 Česká republika, domácí), Martin MAŠKA (203 Česká republika, domácí) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika, garant, domácí).
• Vydání: Bioinformatics, Oxford University Press, 2019, 1367-4803.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
• Stát vydavatele: Velká Británie a Severní Irsko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Impakt faktor: Impact factor: 5.610
• Kód RIV: RIV/00216224:14330/19:00107401
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• Doi: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz417
• UT WoS: 000499323900072
• Klíčová slova anglicky: Simulation; Mathematical modeling; Benchmarking; Cell imaging; Web services
• Štítky: cbia-web
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Objective assessment of bioimage analysis methods is an essential step towards understanding their robustness and parameter sensitivity, calling for the availability of heterogeneous bioimage datasets accompanied by their reference annotations. Because manual annotations are known to be arduous, highly subjective, and barely reproducible, numerous simulators have emerged over past decades, generating synthetic bioimage datasets complemented with inherent reference annotations. However, the installation and configuration of these tools generally constitutes a barrier to their widespread use. We present a modern, modular web-interface, CytoPacq, to facilitate the generation of synthetic benchmark datasets relevant for multi-dimensional cell imaging. CytoPacq poses a user-friendly graphical interface with contextual tooltips and currently allows a comfortable access to various cell simulation systems of fluorescence microscopy, which have already been recognized and used by the scientific community, in a straightforward and self-contained form. CytoPacq is a publicly available online service running at https://cbia.fi.muni.cz/simulator. More information about it as well as examples of generated bioimage datasets are available directly through the web-interface.

Návaznosti

• EF16_013/0001775, projekt VaV: Název: Modernizace a podpora výzkumných aktivit národní infrastruktury pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging
• GA17-05048S, projekt VaV: Název: Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech

Investor: Grantová agentura ČR, Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech

• LM2015062, projekt VaV: Název: Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, National research infrastructure for biological and medical imaging

• LTC17016, projekt VaV: Název: Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk, INTER-COST

• MUNI/A/1018/2018, interní kód MU: Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VIII.

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VIII., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty