KOTRBOVÁ, Anna, Karel ŠTĚPKA, Martin MAŠKA, Juraj PÁLENIK, Ladislav ILKOVICS, Dobromila KLEMOVÁ, Marek KRAVEC, František HUBATKA, Zankruti DAVE, Aleš HAMPL, Vítězslav BRYJA, Pavel MATULA a Vendula POSPÍCHALOVÁ. TEM ExosomeAnalyzer: a computer-assisted software tool for quantitative evaluation of extracellular vesicles in transmission electron microscopy images. Journal of Extracellular Vesicles. Taylor and Francis Ltd., roč. 8, č. 1, s. 1-13. ISSN 2001-3078. doi:10.1080/20013078.2018.1560808. 2019.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název TEM ExosomeAnalyzer: a computer-assisted software tool for quantitative evaluation of extracellular vesicles in transmission electron microscopy images
Autoři KOTRBOVÁ, Anna (203 Česká republika, domácí), Karel ŠTĚPKA (203 Česká republika, domácí), Martin MAŠKA (203 Česká republika, domácí), Juraj PÁLENIK (703 Slovensko, domácí), Ladislav ILKOVICS (203 Česká republika, domácí), Dobromila KLEMOVÁ (203 Česká republika, domácí), Marek KRAVEC (703 Slovensko, domácí), František HUBATKA (203 Česká republika), Zankruti DAVE (356 Indie, domácí), Aleš HAMPL (203 Česká republika, domácí), Vítězslav BRYJA (203 Česká republika, domácí), Pavel MATULA (203 Česká republika, domácí) a Vendula POSPÍCHALOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Journal of Extracellular Vesicles, Taylor and Francis Ltd. 2019, 2001-3078.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10601 Cell biology
Stát vydavatele Velká Británie a Severní Irsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW Full Text
Impakt faktor Impact factor: 14.976
Kód RIV RIV/00216224:14310/19:00107476
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1080/20013078.2018.1560808
UT WoS 000511377100001
Klíčová slova anglicky Exosome; cryo-electron microscopy; extracellular vesicles; image analysis; morphological seeded watershed; negative staining; segmentation; semi-automatic detection; size distribution profile; transmission electron microscopy
Štítky 14110517, cbia-web, podil, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:11.
Anotace
Extracellular vesicles (EVs) function as important conveyers of information between cells and thus can be exploited as drug delivery systems or disease biomarkers. Transmission electron microscopy (TEM) remains the gold standard method for visualisation of EVs, however the analysis of individual EVs in TEM images is time-consuming if performed manually. Therefore, we present here a software tool for computer-assisted evaluation of EVs in TEM images. TEM ExosomeAnalyzer detects EVs based on their shape and edge contrast criteria and subsequently analyses their size and roundness. The software tool is compatible with common negative staining protocols and isolation methods used in the field of EV research; even with challenging TEM images (EVs both lighter and darker than the background, images containing artefacts or precipitated stain, etc.). If the fully-automatic analysis fails to produce correct results, users can promptly adjust the detected seeds of EVs as well as their boundaries manually. The performance of our tool was evaluated for three different modes with variable levels of human interaction, using two datasets with various heterogeneity. The semi-automatic mode analyses EVs with high success rate in the homogenous dataset (F1 score 0.9094, Jaccard coefficient 0.8218) as well as in the highly heterogeneous dataset containing EVs isolated from cell culture medium and patient samples (F1 score 0.7619, Jaccard coefficient 0.7553). Moreover, the extracted size distribution profiles of EVs isolated from malignant ascites of ovarian cancer patients overlap with those derived by cryo-EM and are comparable to NTA- and TRPS-derived data. In summary, TEM ExosomeAnalyzer is an easy-to-use software tool for evaluation of many types of vesicular microparticles and is available at http://cbia.fi.muni.cz/exosome-analyzer free of charge for non-commercial and research purposes. The web page contains also detailed description how to use the software tool including a video tutorial.
Návaznosti
EF16_013/0001775, projekt VaVNázev: Modernizace a podpora výzkumných aktivit národní infrastruktury pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging
GJ17-11776Y, projekt VaVNázev: Funkční a biochemická analýza extracelulárních váčků z ascitů pacientek s karcinomem vaječníku
Investor: Grantová agentura ČR, Funkční a biochemická analýza extracelulárních váčků z ascitů pacientek s karcinomem vaječníku
LM2015062, projekt VaVNázev: Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, National research infrastructure for biological and medical imaging
MUNI/E/0876/2018, interní kód MUNázev: TEM ExosomeAnalyzer: Nový software pro kvantitativní charakterizaci extracelulárních vesikulů pomocí transmisní elektronové mikroskopie
Investor: Masarykova univerzita, TEM ExosomeAnalyzer: Nový software pro kvantitativní charakterizaci extracelulárních vesikulů pomocí transmisní elektronové mikroskopie, Podpora zvýšení kvality vynikajících výsledků
MUNI/M/1050/2013, interní kód MUNázev: Automatizovaná analýza elektronmikroskopických snímků pro použití v biologii a medicíně (Akronym: Analýza TEM snímků)
Investor: Masarykova univerzita, Automatizovaná analýza elektronmikroskopických snímků pro použití v biologii a medicíně, INTERDISCIPLINARY - Mezioborové výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 28. 3. 2024 22:15