FURMANOVÁ, Katarína, Barbora KOZLÍKOVÁ, Vojtěch VONÁSEK a Jan BYŠKA. DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Data. In Kozlíková, Barbora and Linsen, Lars and Vázquez, Pere-Pau and Lawonn, Kai and Raidou, Renata Georgia. Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Brno: The Eurographics Association, 2019. s. 113-122. ISBN 978-3-03868-081-9. doi:10.2312/vcbm.20191238.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Data
Autoři FURMANOVÁ, Katarína (703 Slovensko, garant, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Vojtěch VONÁSEK (203 Česká republika) a Jan BYŠKA (203 Česká republika, domácí).
Vydání Brno, Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, od s. 113-122, 10 s. 2019.
Nakladatel The Eurographics Association
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání paměťový nosič (CD, DVD, flash disk)
Kód RIV RIV/00216224:14330/19:00107523
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-3-03868-081-9
ISSN 2070-5786
Doi http://dx.doi.org/10.2312/vcbm.20191238
Klíčová slova anglicky protein;docking;visualization;interaction
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 14:24.
Anotace
Molecular docking is one of the key mechanisms for predicting possible interactions between ligands and proteins. This highly complex task can be simulated by several software tools, providing the biochemists with possible ligand trajectories, which have to be subsequently explored and evaluated for their biochemical relevance. This paper focuses on aiding this exploration process by introducing DockVis visual analysis tool. DockVis operates primarily with the multivariate output data from one of the latest available tools for molecular docking, CaverDock. CaverDock output consists of several parameters and properties, which have to be subsequently studied and understood. DockVis was designed in tight collaboration with protein engineers using the CaverDock tool. However, we believe that the concept of DockVis can be extended to any other molecular docking tool providing the users with corresponding computation results.
Návaznosti
GA17-07690S, projekt VaVNázev: Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinech (Akronym: FLigComp)
Investor: Grantová agentura ČR, Methods of Identification and Visualization of Tunnels for Flexible Ligands in Dynamic Proteins
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 03:09