Molekulární klasifikace meduloblastomů pomocí celogenomového expresního profilování

NOSKOVÁ, Hana, Soňa ADAMCOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ, Lenka RADOVÁ, Zdeněk PAVELKA, Klára VEJMĚLKOVÁ, Karel ZITTERBART, Ondřej SLABÝ and Jaroslav ŠTĚRBA. Molekulární klasifikace meduloblastomů pomocí celogenomového expresního profilování (Molecular Classification of Medullobastomas by Whole Genome Expression Profiling). Klinická onkologie. Ambit Media a.s., 2019, vol. 32, Supplementum 1, p. 171-173. ISSN 0862-495X.

Basic information

• Original name: Molekulární klasifikace meduloblastomů pomocí celogenomového expresního profilování
• Name (in English): Molecular Classification of Medullobastomas by Whole Genome Expression Profiling
• Authors: NOSKOVÁ, Hana (203 Czech Republic, belonging to the institution), Soňa ADAMCOVÁ (703 Slovakia, belonging to the institution), Dana KNOFLÍČKOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Lenka RADOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Zdeněk PAVELKA (203 Czech Republic, belonging to the institution), Klára VEJMĚLKOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Karel ZITTERBART (203 Czech Republic, belonging to the institution), Ondřej SLABÝ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Jaroslav ŠTĚRBA (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution).
• Edition: Klinická onkologie, Ambit Media a.s. 2019, 0862-495X.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: 30204 Oncology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: URL
• RIV identification code: RIV/00216224:14110/19:00108586
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords (in Czech): expresní profi lování; personalizovaná medicína; dětská onkologie; meduloblastom
• Keywords in English: gene expression profiling; precision medicine; pediatric oncology; medulloblastoma
• Tags: rivok
• Tags: Reviewed

Abstract

Východiska: Meduloblastom (MB) je nejčastější maligní nádor centrálního nervového systému u dětí. V ČR ročně onemocní tímto nádorem přibližně 10–12 dětí. MB jsou považovány za vysoce rizikové nádory se sklonem k metastazování. Současné pokroky v molekulární diagnostice pomáhají ve zpřesnění diagnózy a předpovědi klinického průběhu onemocnění. V současné době jsou MB rozdělovány do podskupin, a to na základě molekulárních drah řídících jejich vznik, na WNT aktivované, SHH aktivované, skupinu 3 a 4. Jednotlivé podskupiny se liší svou histologií, klinickým průběhem, genomickými změnami a profily genové exprese. Cílem naší studie je klasifikace pacientů s MB do čtyř základních molekulárních skupin a porovnání získaných výsledků s literaturou. Materiál a metody: U pacientů s MB je v rámci naší studie prováděno profilování genových expresí pomocí Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermo Fisher Scientific, MA, USA). Vstupním materiálem je celková RNA izolovaná ze zamražené nádorové tkáně. Samotná klasifikace je založena na metodě vyvinuté P. Northcottem v roce 2011. Výsledky: Od dubna 2015 do února 2019 bylo do naší studie zařazeno celkem 21 pacientů s MB. Medián věku pacienta v době diagnózy byl 6 let, zařazeno bylo 14 chlapců a 7 dívek. U pacientů bylo provedeno profilování genové exprese a následná molekulární klasifikace MB. Zjistili jsme, že nejčastěji zastoupená skupina MB byla skupina 4 (9 pacientů, 43 %), následovala skupina 3 (5 pacientů, 24 %), SHH aktivovaný MB (4 pacienti, 19 %) a nejméně zastoupenou skupinou byl WNT aktivovaný MB (3 pacienti, 14 %). Výsledky stanovení podskupiny MB byly úspěšně korelovány s histopatologickým nálezem a dalšími molekulárně genetickými vyšetřeními. Závěr: Molekulární klasifikace pacientů s MB, která byla zavedena na našem pracovišti, umožňuje lépe porozumět tomuto heterogennímu charakteru onemocnění a pomáhá v terapeutickém plánování.

Abstract (in English)

Background: Medulloblastoma (MB) is the most common malignant tumour of the central nervous system in children. MB is considered to be high risk tumour propensity to metastasize. In the Czech Republic, approximately 10–12 children are affected annually by this tumour. Recent progress in molecular diagnostics helps to refine the diagnosis and estimate clinical prognosis of the disease. Currently, MBs are subclassified into WNT-activated, SHH-activated, group 3, and 4 based on molecular pathways that drive their tumorigenesis. Each subtype differs in its histopathology, clinical features, genomic changes and gene expressions. The aim of our study is to classify patient’s MBs into four basic molecular groups and compare our results with published data. Material and methods: In our study we analysed expression profiles using Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermo Fisher Scientific, MA, USA). As input material RNA extracted from the fresh frozen tissue was used. Molecular classification based on the method established by P. Northcott in 2011 was performed. Results: From April 2015 to February 2019, 21 patients with MBs were included in our study. Median age of the patients at the time of diagnosis was 6 years, 14 boys and 7 girls were enrolled. Gene expression profiling and molecular classification of MBs was performed. Based on this methodology, we found the most frequently represented subgroup of MB was group 4 (9 patients, 43%), followed by group 3 (5 patients, 24%), SHH-activated MB (4 patients, 19%) and the least represented subgroup was WNT-activated MB (3 patients, 14%). Results of molecular subgroup classification of MBs were successfully correlated with histopathological findings and other molecular-genetic examinations. Conclusion: Molecular classification of MBs has been established in our institution allowing better understanding of this heterogeneous disease and helping clinicians in therapeutic planning in affected patients.

Links

• MUNI/A/1586/2018, interní kód MU: Name: Personalizovaná léčba v dětské onkologii: na cestě k "liquid dynamic medecine" a "N-of-1 clinical trials" (Acronym: Personalizovaná léčba v dětské onkologii)

Investor: Masaryk University, Category A

• NV16-33209A, research and development project: Name: Sekvenování nové generace a expresní profilování jako diagnostický podklad pro návrhy individualizovaných léčebných plánů pro děti se solidními nádory