ZDRÁHAL, Zbyněk. Processing of proteomics data in KNIME. 2019.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Processing of proteomics data in KNIME
Name (in English) Processing of proteomics data in KNIME
Authors ZDRÁHAL, Zbyněk (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution).
Edition 2019.
Other information
Original language Czech
Type of outcome Organization of a workshop
Field of Study 10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
WWW URL
RIV identification code RIV/00216224:14740/19:00113578
Organization unit Central European Institute of Technology
Keywords in English proteomics; data processing; analytics; infrastructure
Tags rivok
Changed by Changed by: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Changed: 7/4/2020 13:11.
Abstract
Zpracování dat proteomiky se stává stále složitější a obtížnější. V reakci na tento trend byl vytvořen software KNIME Analytics Platform. Vyvíjíme také nové metody a komponenty KNIME, které umožní využití pokročilých metod zpracování dat a vizualizačních technik. Díky tomu vytváří reprodukovatelné a flexibilní zpracování a interpretaci nejen proteomických dat. Platforma je bezplatná, open-source a jejím cílem je také snadné uživatelské užití, které umožní úpravu a kontrolu jednotlivých kroků, včetně všech potenciálně použitých skriptů.
Abstract (in English)
Omics data processing are becoming increasingly complex and harder to process and reproduce. In response to this trend, we have built and are maintaining docker software container containing KNIME Analytics Platform. We are also developing new KNIME metanodes/components enabling utilization of advanced data processing methods and visualization techniques. Combined, they enable reproducible and flexible processing and interpretation of not only proteomics data. The platform is free and open-source and aims to be easy to use, still enabling detailed inspection and adjustment of individual steps including all scripts potentially used.
Links
LM2015043, research and development projectName: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Acronym: CIISB)
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
PrintDisplayed: 17/7/2024 06:51