W 2019

Processing of proteomics data in KNIME

ZDRÁHAL, Zbyněk

Basic information

Original name

Processing of proteomics data in KNIME

Name (in English)

Processing of proteomics data in KNIME

Authors

ZDRÁHAL, Zbyněk (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution)

Edition

2019

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Uspořádání workshopu

Field of Study

10600 1.6 Biological sciences

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

References:

RIV identification code

RIV/00216224:14740/19:00113578

Organization unit

Central European Institute of Technology

Keywords in English

proteomics; data processing; analytics; infrastructure

Tags

Změněno: 7/4/2020 13:11, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.

Abstract

ORIG EN

V originále

Zpracování dat proteomiky se stává stále složitější a obtížnější. V reakci na tento trend byl vytvořen software KNIME Analytics Platform. Vyvíjíme také nové metody a komponenty KNIME, které umožní využití pokročilých metod zpracování dat a vizualizačních technik. Díky tomu vytváří reprodukovatelné a flexibilní zpracování a interpretaci nejen proteomických dat. Platforma je bezplatná, open-source a jejím cílem je také snadné uživatelské užití, které umožní úpravu a kontrolu jednotlivých kroků, včetně všech potenciálně použitých skriptů.

In English

Omics data processing are becoming increasingly complex and harder to process and reproduce. In response to this trend, we have built and are maintaining docker software container containing KNIME Analytics Platform. We are also developing new KNIME metanodes/components enabling utilization of advanced data processing methods and visualization techniques. Combined, they enable reproducible and flexible processing and interpretation of not only proteomics data. The platform is free and open-source and aims to be easy to use, still enabling detailed inspection and adjustment of individual steps including all scripts potentially used.

Links

LM2015043, research and development project
Name: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Acronym: CIISB)
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR