Informační systém MU
JEDLIČKA, Pavel, Matej LEXA, Ivan VANÁT, Eduard KEJNOVSKÝ a Roman HOBZA. Nested plant LTR retrotransposons target specific regions of other elements, while all LTR retrotransposons often target palindromes and nucleosome-occupied regions: in silico study. Mobile DNA, 2019, roč. 10, č. 1, s. 1-14. ISSN 1759-8753. doi:10.1186/s13100-019-0186-z.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Nested plant LTR retrotransposons target specific regions of other elements, while all LTR retrotransposons often target palindromes and nucleosome-occupied regions: in silico study
Autoři JEDLIČKA, Pavel (203 Česko, garant), Matej LEXA (703 Slovensko, domácí), Ivan VANÁT (703 Slovensko, domácí), Eduard KEJNOVSKÝ (203 Česko) a Roman HOBZA (203 Česko).
Vydání Mobile DNA, 2019, 1759-8753.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10611 Plant sciences, botany
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 3.161
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1186/s13100-019-0186-z
UT WoS 000502731200001
Klíčová slova anglicky Transposable elements; LTR retrotransposons; Nesting; Chromatin; Nucleosomes; Plants
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 6. 5. 2020 17:12.
Anotace
Background:Nesting is common in LTR retrotransposons, especially in large genomes containing a high number of elements.Results:We analyzed 12 plant genomes and obtained 1491 pairs of nested and original (pre-existing) LTR retrotransposons. We systematically analyzed mutual nesting of individual LTR retrotransposons and found that certain families, more often belonging to the Ty3/gypsy than Ty1/copia superfamilies, showed a higher nesting frequency as well as a higher preference for older copies of the same family (“autoinsertions”). Nested LTR retrotransposons were preferentially located in the 3’UTR of other LTR retrotransposons, while coding and regulatory regions (LTRs) are not commonly targeted. Insertions displayed a weak preference for palindromes and were associated with a strong positional pattern of higher predicted nucleosome occupancy. Deviation from randomness in target site choice was also found in 13,983 non-nested plant LTR retrotransposons.Conclusions:We reveal that nesting of LTR retrotransposons is not random. Integration is correlated with sequence composition, secondary structure and the chromatin environment. Insertion into retrotransposon positions with allow negative impact on family fitness supports the concept of the genome being viewed as an ecosystem of various elements.
Návaznosti
GA18-00258S, projekt VaVNázev: Úloha transposonů v dynamice rostlinných genomů (Akronym: TRANSPOSONY_DRG)
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
Zobrazeno: 13. 8. 2020 02:48