Charakterizace nového druhu stafylokokového bakteriofága čeledi
Podoviridae

D 2020

Charakterizace nového druhu stafylokokového bakteriofága čeledi Podoviridae

HAVRÁNKOVÁ, Jiřina, Tibor BOTKA, Martin BENEŠÍK, Pavol BÁRDY, Roman PANTŮČEK et. al.

Basic information

Original name

Charakterizace nového druhu stafylokokového bakteriofága čeledi Podoviridae

Authors

HAVRÁNKOVÁ, Jiřina, Tibor BOTKA, Martin BENEŠÍK, Pavol BÁRDY and Roman PANTŮČEK

Edition

Brno, Tomáškovy dny 2020 - XXIX. konference mladých mikrobiologů, p. 12, 2020

Publisher

Masarykova univerzita

Other information

Type of outcome

Stať ve sborníku

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Publication form

electronic version available online

References:

URL

ISBN

978-80-210-9611-0

Abstract

V originále

Rezistence bakterií rodu Staphylococcus vůči antibiotikům začíná být vážným celosvětovým problémem. Druh Staphylococcus sciuri je spíše komenzálním druhem, avšak jeho výskyt koreluje s výskytem některých onemocnění u člověka i hospodářských zvířat. Stejně jako jiné bakterie, je i tento druh hostitelem bakteriálních virů –bakteriofágů. Bakteriofágy z čeledi Podoviridae mají ikozahedrální hlavičku a nekontraktilní bičík. Cílem této práce bylo stanovení růstových vlastností a charakterizace nového podoviru KAC10 na úrovni genomu i proteomu. Propagační bakteriální kmen byl taxonomicky zařazen pomocí sekvenace genů 16S rRNA a rpoB. Růstové vlastnosti fága byly stanoveny pomocí adsorpční a růstové křivky. Proteom byl charakterizován metodami SDS-PAGE a LC-MS. Genom byl získán sekvenací na platformě Illumina, následně byl anotován a srovnán s fágovými genomy v databázi GenBank. Genom fága KAC10 je unikátní. Nejvyšší shoda byla nalezena s fágem Pike, který vykazuje 80% identitu, avšak při pouhém 11% pokrytí sekvencí. Strukturní proteiny KAC10 a jejich relativní četnost byly porovnány s podovirem P68. Stejné typy proteinů měly, přes sekvenční odlišnosti, přibližně stejnou molekulovou hmotnost a v obou případech byl nejhojnější hlavní kapsidový protein. Propagační kmen nového bakteriofága byl zařazen ke druhu S. sciuri. Fág pomnožený na tomto kmeni dosahuje titru v řádu 1010 PFU/ml. Při lyzi kmene na agaru tvoří KAC10 plaky o velikosti až 0,25 cm. Délka životního cyklu KAC10 je 20 min a fágový výnos se pohybuje mezi 122 a 163 PFU na jednu infikovanou buňku. Z65 testovaných kmenů různých druhů rodu Staphylococcus a Macrococcus byl citlivý pouze jeden další kmen S. sciuri–P723. Tři kmeny vykazovaly lyzi zvnějšku (1 kmen S. sciuri a 2 kmeny S. vitulinus). Po opakované pasáži KAC10 na kmeni P723, se na tomto kmeni stonásobně zvýšil titr fága, přičemž na propagačním kmeni se nezměnil. Zároveň se ale po aplikaci na původní propagační kmen objevily i KAC10-rezistentní kolonie, které se původně nevyskytovaly. Nově popsaný podovirus KAC10 má sice úzké spektrum hostitele, avšak svůj propagační kmen lyzuje velmi efektivně. Jeho lytické proteiny by proto mohly najít uplatnění ve fágové terapii. Tato práce byla podpořena grantem Grantové agentury ČR (GA18-13064S) a grantem Fondu rozvoje Masarykovy univerzity (MUNI / FR / 1181/2018).

Links

GA18-13064S, research and development project

Name: Analýza interakcí mezi polyvalentním terapeutickým fágem druhu Twort-like a jeho hostitelem Staphylococcus aureus

Investor: Czech Science Foundation

MUNI/FR/1181/2018, interní kód MU

Name: Inovace metod v Praktiku z molekulární biologie virů

Investor: Masaryk University

Citovat

HAVRÁNKOVÁ, Jiřina, Tibor BOTKA, Martin BENEŠÍK, Pavol BÁRDY and Roman PANTŮČEK. Charakterizace nového druhu stafylokokového bakteriofága čeledi Podoviridae. Online. In Mgr. Lukáš Vacek. Tomáškovy dny 2020 - XXIX. konference mladých mikrobiologů. Brno: Masarykova univerzita, 2020, p. 12. ISBN 978-80-210-9611-0.

@inproceedings{1662866,
   author = {Havránková, Jiřina and Botka, Tibor and Benešík, Martin and Bárdy, Pavol and Pantůček, Roman},
   address = {Brno},
   booktitle = {Tomáškovy dny 2020 - XXIX. konference mladých mikrobiologů},
   editor = {Mgr. Lukáš Vacek},
   howpublished = {elektronická verze "online"},
   location = {Brno},
   isbn = {978-80-210-9611-0},
   pages = {12},
   publisher = {Masarykova univerzita},
   title = {Charakterizace nového druhu stafylokokového bakteriofága čeledi Podoviridae},
   url = {https://www.med.muni.cz/tomdny/program},
   year = {2020}
}

TY  - JOUR
ID  - 1662866
AU  - Havránková, Jiřina - Botka, Tibor - Benešík, Martin - Bárdy, Pavol - Pantůček, Roman
PY  - 2020
TI  - Charakterizace nového druhu stafylokokového bakteriofága čeledi Podoviridae
PB  - Masarykova univerzita
CY  - Brno
SN  - 9788021096110
UR  - https://www.med.muni.cz/tomdny/program
N2  - Rezistence bakterií rodu Staphylococcus vůči antibiotikům začíná být vážným celosvětovým problémem. Druh Staphylococcus sciuri je spíše komenzálním druhem, avšak jeho výskyt koreluje s výskytem některých onemocnění u člověka i hospodářských zvířat. Stejně jako jiné bakterie, je i tento druh hostitelem bakteriálních virů –bakteriofágů. Bakteriofágy z čeledi Podoviridae mají ikozahedrální hlavičku a nekontraktilní bičík. Cílem této práce bylo stanovení růstových vlastností a charakterizace nového podoviru KAC10 na úrovni genomu i proteomu. Propagační bakteriální kmen byl taxonomicky zařazen pomocí sekvenace genů 16S rRNA a rpoB. Růstové vlastnosti fága byly stanoveny pomocí adsorpční a růstové křivky. Proteom byl charakterizován metodami SDS-PAGE a LC-MS. Genom byl získán sekvenací na platformě Illumina, následně byl anotován a srovnán s fágovými genomy v databázi GenBank. Genom fága KAC10 je unikátní. Nejvyšší shoda byla nalezena s fágem Pike, který vykazuje 80% identitu, avšak při pouhém 11% pokrytí sekvencí. Strukturní proteiny KAC10 a jejich relativní četnost byly porovnány s podovirem P68. Stejné typy proteinů měly, přes sekvenční odlišnosti, přibližně stejnou molekulovou hmotnost a v obou případech byl nejhojnější hlavní kapsidový protein. Propagační kmen nového bakteriofága byl zařazen ke druhu S. sciuri. Fág pomnožený na tomto kmeni dosahuje titru v řádu 1010 PFU/ml. Při lyzi kmene na agaru tvoří KAC10 plaky o velikosti až 0,25 cm. Délka životního cyklu KAC10 je 20 min a fágový výnos se pohybuje mezi 122 a 163 PFU na jednu infikovanou buňku. Z65 testovaných kmenů různých druhů rodu Staphylococcus a Macrococcus byl citlivý pouze jeden další kmen S. sciuri–P723. Tři kmeny vykazovaly lyzi zvnějšku (1 kmen S. sciuri a 2 kmeny S. vitulinus). Po opakované pasáži KAC10 na kmeni P723, se na tomto kmeni stonásobně zvýšil titr fága, přičemž na propagačním kmeni se nezměnil. Zároveň se ale po aplikaci na původní propagační kmen objevily i KAC10-rezistentní kolonie, které se původně nevyskytovaly. Nově popsaný podovirus KAC10 má sice úzké spektrum hostitele, avšak svůj propagační kmen lyzuje velmi efektivně. Jeho lytické proteiny by proto mohly najít uplatnění ve fágové terapii. Tato práce byla podpořena grantem Grantové agentury ČR (GA18-13064S) a grantem Fondu rozvoje Masarykovy univerzity (MUNI / FR / 1181/2018).
ER  -

HAVRÁNKOVÁ, Jiřina, Tibor BOTKA, Martin BENEŠÍK, Pavol BÁRDY and Roman PANTŮČEK. Charakterizace nového druhu stafylokokového bakteriofága čeledi Podoviridae. Online. In Mgr. Lukáš Vacek. \textit{Tomáškovy dny 2020 - XXIX. konference mladých mikrobiologů}. Brno: Masarykova univerzita, 2020, p.~12. ISBN~978-80-210-9611-0.

Detailed Information on Publication Record