D 2020

Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations

KŘENEK, Aleš, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL, Vojtěch SPIWOK et. al.

Základní údaje

Originální název

Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations

Název česky

Prohledávání prostoru foldování proteinů simulacemí řízenými neuronovou sítí

Autoři

KŘENEK, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí), Jana HOZZOVÁ (703 Slovensko, domácí), Jaroslav OĽHA (703 Slovensko, domácí), Dalibor TRAPL a Vojtěch SPIWOK

Vydání

Brusel, MODELLING AND SIMULATION 2020, od s. 305-309, 5 s. 2020

Nakladatel

EUROSIS-ETI

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Belgie

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Odkazy

program konference

Kód RIV

RIV/00216224:14610/20:00114384

Organizační jednotka

Ústav výpočetní techniky

ISBN

978-94-92859-12-9

Klíčová slova anglicky

metadyamic; protein folding; netural network

Štítky

rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 29. 4. 2021 10:58, Mgr. Alena Mokrá

Anotace

V originále

We introduce a novel computationally feasible method of exploring protein folding spaces, while working with- out any a priori knowledge of the space, hence over- coming a drawback of previous methods. Since our ap- proach uses random landmark structures without any guarantee of chemical or biological meaning, we use neu- ral networks to extract meaningful features to guide the simulation. The method is described in detail, and its implementation is publicly available. We demonstrate the feasibility of this approach by accelerating the fold- ing of the Trp-Cage miniprotein 20 times.

Návaznosti

GA19-16857S, projekt VaV
Název: Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map
Investor: Grantová agentura ČR, Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map
MUNI/A/1050/2019, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX (Akronym: SV-FI MAV IX)
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
Zobrazeno: 11. 11. 2024 01:05