D
2020
Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
KŘENEK, Aleš, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL, Vojtěch SPIWOK et. al.
Základní údaje
Originální název
Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
Název česky
Prohledávání prostoru foldování proteinů simulacemí řízenými neuronovou sítí
Vydání
Brusel, MODELLING AND SIMULATION 2020, od s. 305-309, 5 s. 2020
Další údaje
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
tištěná verze "print"
Kód RIV
RIV/00216224:14610/20:00114384
Organizační jednotka
Ústav výpočetní techniky
Klíčová slova anglicky
metadyamic; protein folding; netural network
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
V originále
We introduce a novel computationally feasible method of exploring protein folding spaces, while working with- out any a priori knowledge of the space, hence over- coming a drawback of previous methods. Since our ap- proach uses random landmark structures without any guarantee of chemical or biological meaning, we use neu- ral networks to extract meaningful features to guide the simulation. The method is described in detail, and its implementation is publicly available. We demonstrate the feasibility of this approach by accelerating the fold- ing of the Trp-Cage miniprotein 20 times.
Návaznosti
GA19-16857S, projekt VaV | Název: Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map | Investor: Grantová agentura ČR, Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map |
|
MUNI/A/1050/2019, interní kód MU | Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX (Akronym: SV-FI MAV IX) | Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty |
|
Zobrazeno: 11. 11. 2024 01:05