Informační systém MU
REIGL, Tomáš, Jakub Paweł PORC, Karol PÁL, Jakub HYNŠT, Tomáš HRON, Nikos DARZENTAS, Veronika NAVRKALOVÁ a Karla PLEVOVÁ. Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX. 2021.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
Název česky Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
Název anglicky Bioinformatic tool with a user interface for NGS data analysis - LYNX
Autoři REIGL, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí), Jakub Paweł PORC (203 Česká republika, domácí), Karol PÁL (203 Česká republika, domácí), Jakub HYNŠT (616 Polsko, domácí), Tomáš HRON (300 Řecko), Nikos DARZENTAS (203 Česká republika), Veronika NAVRKALOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Karla PLEVOVÁ (203 Česká republika).
Vydání 2021.
Další údaje
Originální jazyk čeština
Typ výsledku Software
Obor 30401 Health-related biotechnology
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW Webové rozhraní bioinformatického nástroje LYNX
Kód RIV RIV/00216224:14740/21:00129461
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Klíčová slova česky LYNX; NGS panel; bioinformatický nástroj; uživatelské rozhraní; hematologické malignity
Klíčová slova anglicky LYNX; NGS panel; bioinformatic tool; user interface; haematological malignancies
Technické parametry Software LYNX je bioinformatická pipeline s webovým rozhraním. Pipeline se skládá z volně dostupných programů a vlastního kódu zejména v programovacích jazycích Perl, Python a Snakemake. Uživatelské prostředí komunikující s výpočetní pipeline je naprogramované v jazyce JavaScript.
Změnil Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 10. 2022 10:42.
Anotace
LYNX je webový interaktivní bioinformatický nástroj pro analýzu dat získaných cíleným sekvenováním nové generace. Výpočetní algoritmy implementované v nástroji poskytují informace o mutacích ve vybraných genech, změnách v počtu kopií DNA, translokacích a přestavbách antigenních receptorů u nejběžnějších lymfoidních malignit. Všechny tyto informace jsou prezentovány prostřednictvím interaktivních tabulek a grafů v uživatelském rozhraní.
Anotace anglicky
LYNX is a web-based interactive bioinformatic tool for the analysis of targeted next-generation sequencing data. Computational pipelines implemented in the tool provide information about mutations in selected genes, copy number variations across the genome, translocations, and rearrangements of antigen receptors in the most common lymphoid malignancies. All this information is presented via interactive tables and graphs in a user interface.
Návaznosti
TJ02000133, projekt VaVNázev: Vývoj modulární bioinformatické platformy pro analýzu dat získaných sekvenováním nové generace
Investor: Technologická agentura ČR, Vývoj modulární bioinformatické platformy pro analýzu dat získaných sekvenováním nové generace
Zobrazeno: 4. 10. 2024 08:21