Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX

REIGL, Tomáš, Jakub Paweł PORC, Karol PÁL, Jakub HYNŠT, Tomáš HRON, Nikos DARZENTAS, Veronika NAVRKALOVÁ and Karla PLEVOVÁ. Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX (Bioinformatic tool with a user interface for NGS data analysis - LYNX). 2021.

Basic information

• Original name: Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
• Name in Czech: Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
• Name (in English): Bioinformatic tool with a user interface for NGS data analysis - LYNX
• Authors: REIGL, Tomáš (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Jakub Paweł PORC (203 Czech Republic, belonging to the institution), Karol PÁL (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jakub HYNŠT (616 Poland, belonging to the institution), Tomáš HRON (300 Greece), Nikos DARZENTAS (203 Czech Republic), Veronika NAVRKALOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Karla PLEVOVÁ (203 Czech Republic).
• Edition: 2021.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Software
• Field of Study: 30401 Health-related biotechnology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: Webové rozhraní bioinformatického nástroje LYNX
• RIV identification code: RIV/00216224:14740/21:00129461
• Organization unit: Central European Institute of Technology
• Keywords (in Czech): LYNX; NGS panel; bioinformatický nástroj; uživatelské rozhraní; hematologické malignity
• Keywords in English: LYNX; NGS panel; bioinformatic tool; user interface; haematological malignancies
• Technical parameters: Software LYNX je bioinformatická pipeline s webovým rozhraním. Pipeline se skládá z volně dostupných programů a vlastního kódu zejména v programovacích jazycích Perl, Python a Snakemake. Uživatelské prostředí komunikující s výpočetní pipeline je naprogramované v jazyce JavaScript.

Abstract

LYNX je webový interaktivní bioinformatický nástroj pro analýzu dat získaných cíleným sekvenováním nové generace. Výpočetní algoritmy implementované v nástroji poskytují informace o mutacích ve vybraných genech, změnách v počtu kopií DNA, translokacích a přestavbách antigenních receptorů u nejběžnějších lymfoidních malignit. Všechny tyto informace jsou prezentovány prostřednictvím interaktivních tabulek a grafů v uživatelském rozhraní.

Abstract (in English)

LYNX is a web-based interactive bioinformatic tool for the analysis of targeted next-generation sequencing data. Computational pipelines implemented in the tool provide information about mutations in selected genes, copy number variations across the genome, translocations, and rearrangements of antigen receptors in the most common lymphoid malignancies. All this information is presented via interactive tables and graphs in a user interface.

Links

• TJ02000133, research and development project: Name: Vývoj modulární bioinformatické platformy pro analýzu dat získaných sekvenováním nové generace

Investor: Technology Agency of the Czech Republic