Other formats:
BibTeX
LaTeX
RIS
@article{2233296, author = {Mądrzyk, Marie and Macháčková, Táňa and Trachtová, Karolína and Ivković, Tina Catela and Součková, Kamila and Kotouček, Jan and Mašek, Josef and Loja, Tomáš and Šachlová, Milana and Slabý, Ondřej}, article_location = {Praha}, article_number = {Supplementum 1}, doi = {http://dx.doi.org/10.48095/ccko20221S107}, keywords = {RNA long noncoding; colorectal neoplasms; exosomes; bio markers tumor; gene expression profiling}, language = {cze}, issn = {0862-495X}, journal = {Klinická onkologie}, title = {Sekvenování dlouhých nekódujících RNA v exozomech u pacientů s kolorektálním karcinomem}, url = {https://www.linkos.cz/casopis-klinicka-onkologie/2022-10-12-supplementum-1/sekvenovani-dlouhych-nekodujicich-rna-v-exozomech-u-pacientu-s-kolorektalnim-kar/}, volume = {35}, year = {2022} }
TY - JOUR ID - 2233296 AU - Mądrzyk, Marie - Macháčková, Táňa - Trachtová, Karolína - Ivković, Tina Catela - Součková, Kamila - Kotouček, Jan - Mašek, Josef - Loja, Tomáš - Šachlová, Milana - Slabý, Ondřej PY - 2022 TI - Sekvenování dlouhých nekódujících RNA v exozomech u pacientů s kolorektálním karcinomem JF - Klinická onkologie VL - 35 IS - Supplementum 1 SP - "S138"-"S141" EP - "S138"-"S141" PB - Česká lékařská společnost J. E. Purkyně SN - 0862495X KW - RNA long noncoding KW - colorectal neoplasms KW - exosomes KW - bio markers tumor KW - gene expression profiling UR - https://www.linkos.cz/casopis-klinicka-onkologie/2022-10-12-supplementum-1/sekvenovani-dlouhych-nekodujicich-rna-v-exozomech-u-pacientu-s-kolorektalnim-kar/ N2 - Východiska: Prognóza pacientů s karcinomem kolorekta (colorectal cancer – CRC) závisí především na rozsahu onemocnění v době diagnózy, proto je brzký záchyt jedním z hlavních předpokladů úspěšné léčby. Současný výzkum ukazuje, že exozomální dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou spojeny s rozvojem nádorových onemocnění. Jelikož jsou lncRNA často tkáňově specifické, jejich kvantifikace v exozomech se nabízí jako neinvazivní metoda pro včasnou detekci CRC. V naší práci jsme se zaměřili na optimalizaci protokolu pro analýzu exozomálních lncRNA z krevního séra pacientů s CRC jako potenciálních diagnostických biomarkerů. Materiál a metody: Exozomy byly izolovány pomocí gelové chromatografie ze 150 μl séra pacientů s CRC a zdravých dárců. Jejich kvalita a kvantita byla potvrzena elektronovou mikroskopií a analýzou dynamického rozptylu světla (dynamic light scattering – DLS) a proteinové markery byly detekovány metodou Western blot. Po izolaci RNA byly ze vzorků připraveny cDNA knihovny, které byly sekvenovány pomocí NextSeq 550. Výsledky: Úspěšně jsme izolovali exozomy a ověřili jsme jejich vlastnosti několika různými metodami. Knihovny byly připraveny ze všech vzorků i přes velmi nízký objem výchozího materiálu. Sekvenační data potvrzují přítomnost protein kódující (50 %) i nekódující RNA, kterou tvoří především lncRNA (28,2 %), pseudogeny (15,2 %) a další typy RNA (6,5 %). Výsledky dále ukázaly významně změněné hladiny některých lncRNA, na základě jejichž exprese bylo možné odlišit vzorky od pacientů s CRC od vzorků zdravých kontrol. Pomocí analýzy obohacení genové sady (gene set enrichment analysis – GSEA) jsme pozorovali významně obohacené třídy genů, které souvisejí s opravami DNA nebo regulací buněčného cyklu. Závěr: Naše pilotní data naznačují, že lncRNA představují významnou část RNA přítomné v exozomech a jejich rozdílné hladiny mají schopnost odlišit CRC pacienty od zdravých kontrol. Analýza obohacených genů zároveň prokázala významné zastoupení lncRNA podílejících se na regulaci buněčného cyklu a oprav DNA, což naznačuje jejich možné zapojení do procesů kancerogeneze. Výsledky je však třeba ověřit na větším souboru pacientů. ER -
MĄDRZYK, Marie, Táňa MACHÁČKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Tina Catela IVKOVI$\backslash$'C, Kamila SOUČKOVÁ, Jan KOTOUČEK, Josef MAŠEK, Tomáš LOJA, Milana ŠACHLOVÁ and Ondřej SLABÝ. Sekvenování dlouhých nekódujících RNA v exozomech u pacientů s kolorektálním karcinomem (Sequencing of long non-coding RNAs in exosomes of colorectal cancer patients). \textit{Klinická onkologie}. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2022, vol.~35, Supplementum 1, p.~''S138''-''S141'', 3 pp. ISSN~0862-495X. Available from: https://dx.doi.org/10.48095/ccko20221S107.
|