Other formats:
BibTeX
LaTeX
RIS
@article{2233296,
author = {Mądrzyk, Marie and Macháčková, Táňa and Trachtová, Karolína and Ivković, Tina Catela and Součková, Kamila and Kotouček, Jan and Mašek, Josef and Loja, Tomáš and Šachlová, Milana and Slabý, Ondřej},
article_location = {Praha},
article_number = {Supplementum 1},
doi = {http://dx.doi.org/10.48095/ccko20221S107},
keywords = {RNA long noncoding; colorectal neoplasms; exosomes; bio markers tumor; gene expression profiling},
language = {cze},
issn = {0862-495X},
journal = {Klinická onkologie},
title = {Sekvenování dlouhých nekódujících RNA v exozomech u pacientů s kolorektálním karcinomem},
url = {https://www.linkos.cz/casopis-klinicka-onkologie/2022-10-12-supplementum-1/sekvenovani-dlouhych-nekodujicich-rna-v-exozomech-u-pacientu-s-kolorektalnim-kar/},
volume = {35},
year = {2022}
}
TY - JOUR
ID - 2233296
AU - Mądrzyk, Marie - Macháčková, Táňa - Trachtová, Karolína - Ivković, Tina Catela - Součková, Kamila - Kotouček, Jan - Mašek, Josef - Loja, Tomáš - Šachlová, Milana - Slabý, Ondřej
PY - 2022
TI - Sekvenování dlouhých nekódujících RNA v exozomech u pacientů s kolorektálním karcinomem
JF - Klinická onkologie
VL - 35
IS - Supplementum 1
SP - "S138"-"S141"
EP - "S138"-"S141"
PB - Česká lékařská společnost J. E. Purkyně
SN - 0862495X
KW - RNA long noncoding
KW - colorectal neoplasms
KW - exosomes
KW - bio markers tumor
KW - gene expression profiling
UR - https://www.linkos.cz/casopis-klinicka-onkologie/2022-10-12-supplementum-1/sekvenovani-dlouhych-nekodujicich-rna-v-exozomech-u-pacientu-s-kolorektalnim-kar/
N2 - Východiska: Prognóza pacientů s karcinomem kolorekta (colorectal cancer – CRC) závisí především na rozsahu onemocnění v době diagnózy, proto je brzký záchyt jedním z hlavních předpokladů úspěšné léčby. Současný výzkum ukazuje, že exozomální dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou spojeny s rozvojem nádorových onemocnění. Jelikož jsou lncRNA často tkáňově specifické, jejich kvantifikace v exozomech se nabízí jako neinvazivní metoda pro včasnou detekci CRC. V naší práci jsme se zaměřili na optimalizaci protokolu pro analýzu exozomálních lncRNA z krevního séra pacientů s CRC jako potenciálních diagnostických biomarkerů. Materiál a metody: Exozomy byly izolovány pomocí gelové chromatografie ze 150 μl séra pacientů s CRC a zdravých dárců. Jejich kvalita a kvantita byla potvrzena elektronovou mikroskopií a analýzou dynamického rozptylu světla (dynamic light scattering – DLS) a proteinové markery byly detekovány metodou Western blot. Po izolaci RNA byly ze vzorků připraveny cDNA knihovny, které byly sekvenovány pomocí NextSeq 550. Výsledky: Úspěšně jsme izolovali exozomy a ověřili jsme jejich vlastnosti několika různými metodami. Knihovny byly připraveny ze všech vzorků i přes velmi nízký objem výchozího materiálu. Sekvenační data potvrzují přítomnost protein kódující (50 %) i nekódující RNA, kterou tvoří především lncRNA (28,2 %), pseudogeny (15,2 %) a další typy RNA (6,5 %). Výsledky dále ukázaly významně změněné hladiny některých lncRNA, na základě jejichž exprese bylo možné odlišit vzorky od pacientů s CRC od vzorků zdravých kontrol. Pomocí analýzy obohacení genové sady (gene set enrichment analysis – GSEA) jsme pozorovali významně obohacené třídy genů, které souvisejí s opravami DNA nebo regulací buněčného cyklu. Závěr: Naše pilotní data naznačují, že lncRNA představují významnou část RNA přítomné v exozomech a jejich rozdílné hladiny mají schopnost odlišit CRC pacienty od zdravých kontrol. Analýza obohacených genů zároveň prokázala významné zastoupení lncRNA podílejících se na regulaci buněčného cyklu a oprav DNA, což naznačuje jejich možné zapojení do procesů kancerogeneze. Výsledky je však třeba ověřit na větším souboru pacientů.
ER -
MĄDRZYK, Marie, Táňa MACHÁČKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Tina Catela IVKOVI$\backslash$'C, Kamila SOUČKOVÁ, Jan KOTOUČEK, Josef MAŠEK, Tomáš LOJA, Milana ŠACHLOVÁ and Ondřej SLABÝ. Sekvenování dlouhých nekódujících RNA v exozomech u pacientů s kolorektálním karcinomem (Sequencing of long non-coding RNAs in exosomes of colorectal cancer patients). \textit{Klinická onkologie}. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2022, vol.~35, Supplementum 1, p.~''S138''-''S141'', 3 pp. ISSN~0862-495X. Available from: https://dx.doi.org/10.48095/ccko20221S107.
|
