J 2022

OverProt: secondary structure consensus for protein families

MIDLIK, Adam; Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ; Jan HUTAŘ; Aliaksei CHARESHNEU; Karel BERKA et. al.

Základní údaje

Originální název

OverProt: secondary structure consensus for protein families

Autoři

MIDLIK, Adam (703 Slovensko, domácí); Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, domácí); Jan HUTAŘ (203 Česká republika, domácí); Aliaksei CHARESHNEU (112 Bělorusko, domácí); Karel BERKA (203 Česká republika) a Radka SVOBODOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Bioinformatics, Oxford University Press, 2022, 1367-4803

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 5.800

Kód RIV

RIV/00216224:14310/22:00127334

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

UT WoS

000812249100001

EID Scopus

2-s2.0-85134911267

Klíčová slova anglicky

protein family; OverProt

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 31. 10. 2024 10:21, Ing. Monika Szurmanová, Ph.D.

Anotace

V originále

Every protein family has a set of characteristic secondary structures. However, due to individual variations, a single structure is not enough to represent the whole family. OverProt can create a secondary structure consensus, showing the general fold of the family as well as its variation. Our server provides precomputed results for all CATH superfamilies and user-defined computations, visualized by an interactive viewer, which shows the secondary structure element type, length, frequency of occurrence, spatial variability and beta-connectivity.

Návaznosti

LM2018140, projekt VaV
Název: e-Infrastruktura CZ (Akronym: e-INFRA CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, e-Infrastruktura CZ
90131, velká výzkumná infrastruktura
Název: ELIXIR-CZ II