Detailed Information on Publication Record
2022
Sekvenování mikroRNA v mozkových metastázách jako nový diagnostický nástroj
VEČEŘA, Marek, Lenka RADOVÁ, František SIEGL, Martin SMRČKA, Radim JANČÁLEK et. al.Basic information
Original name
Sekvenování mikroRNA v mozkových metastázách jako nový diagnostický nástroj
Name (in English)
Sequencing of microRNAs in brain metastases as a new diagnostic tool
Authors
VEČEŘA, Marek (703 Slovakia, guarantor, belonging to the institution), Lenka RADOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), František SIEGL (203 Czech Republic, belonging to the institution), Martin SMRČKA (203 Czech Republic, belonging to the institution), Radim JANČÁLEK (203 Czech Republic, belonging to the institution), Markéta HERMANOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Michal HENDRYCH (203 Czech Republic, belonging to the institution), Leoš KŘEN (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jiří ŠÁNA (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Ondřej SLABÝ (203 Czech Republic, belonging to the institution)
Edition
Klinická onkologie, Praha, Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2022, 0862-495X
Other information
Language
Czech
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
30204 Oncology
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
References:
RIV identification code
RIV/00216224:14740/22:00129719
Organization unit
Central European Institute of Technology
Keywords (in Czech)
nádory mozku; metastázy nádorů; mikroRNA; sekvenování nové generace; biomarkery
Keywords in English
brain neoplasms; neoplasm metastasis; microRNAs; next-generation sequencing; biomarkers
Tags
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 8/3/2023 19:42, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.
V originále
Východiska: Mozkové metastázy (BM) jsou nejčastějšími intrakraniálními nádory u dospělých onkologických pacientů. Zatímco dříve byly BM léčeny pouze symptomaticky, přístup k terapii se mění v důsledku zvyšující se incidence, vyplývající z efektivnější léčby primárních nádorů a časnějšího záchytu malých asymptomatických BM. Protože prognóza pacientů s BM je vysoce variabilní, bylo by užitečné zlepšit diagnostické a prognostické nástroje začleněním nových výkonných biomarkerů. MikroRNA (miRNA) jsou v tomto ohledu slibné a díky své vysoké stabilitě vhodné jak pro sekvenování (RNA-Seq), tak pro retrospektivní analýzy v tkáních fixovaných formalinem a zalitých v parafinu (formalin-fixed and paraffin embedded – FFPE). Materiál a metody: Celková RNA obohacená o miRNA byla izolována ze 71 čerstvě zmrazených histopatologicky potvrzených tkání BM s původem v pěti typech nádorů (karcinom plic, 37 %; melanom, 23 %; karcinom prsu, 18 %; renální karcinom, 15 %; kolorektální karcinom, 7 %). Před léčbou byl od každého pacienta získán informovaný souhlas schválený místní etickou komisí. Z RNA byly připraveny knihovny pro sekvenování na platformě NextSeq 500 (Illumina). Mapování čtení na referenci bylo provedeno pomocí nástroje miraligner a databáze miRBase a diferenciální analýza pro 2 437 maturovaných miRNA pomocí nástroje limma. Molekuly miRNA ze vzorků celkové RNA izolovaných z retrospektivního souboru 119 FFPE tkání byly reverzně transkribovány a exprese vybraných diferenciálně exprimovaných miRNA (miR-122-5p, miR-141-3p, miR-146a-5p, miR-194-5p, miR-200c-3p, miR-211-3p, miR-215-5p, miR-514b-3p, miR-934, miR-1270) byla validována pomocí qPCR. Výsledky: Diferenciální analýzou bylo identifikováno 373 miRNA s významně odlišnou expresí mezi pěti skupinami BM (p < 0,001). Následnou validací byla ověřena významně odlišná exprese vybraných miRNA v pěti skupinách BM. Závěr: Prezentované výsledky potvrzují důležitost studia dysregulované exprese miRNA v BM a diagnostický potenciál validovaných miRNA.
In English
Background: Brain metastases (BM) are the most common intracranial tumors in adult cancer patients. While previously BMs were only treated symptomatically, the approach to therapy is changing due to the increasing incidence resulting from more effective treatment of primary tumors and earlier detection of small asymptomatic BMs. As the prognosis of patients with BM is highly variable, it would be useful to improve diagnostic and prognostic tools by incorporating new powerful biomarkers. MicroRNAs (miRNAs) are promising in this regard and, due to their high stability, suitable both for sequencing (RNA-Seq) and for retrospective analyses in formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues. Material and methods: Total RNA enriched for miRNAs was isolated from 71 fresh-frozen histopathologically confirmed BM tissues originating from 5 tumor types (lung cancer, 37%; melanoma, 23%; breast cancer, 18%; renal cell carcinoma, 15%; colorectal carcinoma, 7%). Informed consent approved by the local ethics committee was obtained from each patient before treatment. Libraries were prepared from RNA for sequencing on the NextSeq 500 platform (Illumina). Read-to-reference mapping was performed using the tool miraligner and the database miRBase, and differential analysis for 2 437 matured miRNAs was done using the tool limma. MiRNA molecules from total RNA samples isolated from a retrospective set of 119 FFPE tissues were reverse transcribed and the expression of selected differentially expressed miRNAs (miR-122-5p, miR-141-3p, miR-146a-5p, miR-194-5p, miR-200c -3p, miR-211-3p, miR-215-5p, miR-514b-3p, miR-934, miR-1270) was validated by qPCR. Results: Differential analysis identified 373 miRNAs with significantly different expression between the five BM groups (P < 0.001). Subsequent pilot validation verified significantly different expression of selected miRNAs in five BM groups. Conclusion: The presented results confirm the importance of studying dysregulated miRNA expression in BM and the diagnostic potential of validated miRNAs.
Links
| NV18-03-00398, research and development project |
|