Cílená detekce somatických mutací u pacientů s ameloblastomem: série případů

SZÁRAZ, Dávid, Zdeněk DANĚK, Petr ANDRLA, Eva BUDINSKÁ, Tereza DEISSOVÁ, Daniela GACHOVÁ, Natálie MLČŮCHOVÁ, Ctirad MACHÁČEK and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Cílená detekce somatických mutací u pacientů s ameloblastomem: série případů (Targeted detection of somatic mutations in patients with ameloblastoma: a case series). In ONCO Prague, 2023. 2023.

Basic information

• Original name: Cílená detekce somatických mutací u pacientů s ameloblastomem: série případů
• Name (in English): Targeted detection of somatic mutations in patients with ameloblastoma: a case series
• Authors: SZÁRAZ, Dávid (203 Czech Republic), Zdeněk DANĚK (203 Czech Republic), Petr ANDRLA (203 Czech Republic), Eva BUDINSKÁ (703 Slovakia), Tereza DEISSOVÁ (203 Czech Republic), Daniela GACHOVÁ (203 Czech Republic), Natálie MLČŮCHOVÁ (203 Czech Republic), Ctirad MACHÁČEK (203 Czech Republic) and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution).
• Edition: ONCO Prague, 2023, 2023.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: 10608 Biochemistry and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/23:00130314
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: somatic mutation; ameloblastoma; case series

Abstract

Úvod: Ameloblastom (AM) je benigní odontogenní tumor ze sklovinotvorného epitelu, vyznačující se lokálně destruktivním růstem a častou (asi 30%) recidivou po odstranění. Vzácně může AM malignizovat. Asi 80% AM se vyskytuje v dolní čelisti a to obvykle v oblasti úhlu a v oblasti molárů.. Za nejčastější molekulární příčinu vzniku ameloblastomu se považuje mutace v genech BRAF a SMO, kdy u AM v horní čelisti převažuje SMO mutace a u AM dolní čelisti BRAF mutace. Cílem naší studie bylo analyzovat případné další mutace, které potencionálně můžou přispět ke vzniku AM. Metodika: Deset pacientů léčených na Klinice ústní, čelistní a obličejové chirurgii ve FN Brno pro histopatologicky verifikovaný AM jsme zařadili do studie. Šest pacientů podstoupilo resekci pro AM dolní čelisti a čtyři pacienti pro AM v horní čelisti. Z parafinového bločku byla izolována DNA kitem QIAamp DNA FFPE Tissue (Qiagen) a připravena sekvenační knihovna s pomocí komerčního panelu CleanPlex OncoZoom Cancer Hotspot Kit pro cílenou detekci somatických mutací v 65 onkogenech a tumor suppresorových genech. Výsledky: U šesti vzorků jsme při sekvenování získali kvalitní data, které jsme bioinformaticky vyhodnotili; u zbývajících vzorků nebyla analýza úspěšná, a to vzhledem k nízké koncentraci a kvalitě izolované DNA. Nalezli jsme SMO mutaci (rs879255280) u 4 pacientů s AM v horní čelisti a BRAF mutaci (rs113488022) u 2 pacientů s AM v dolní čelisti. Navíc byly nalezeny mutace s (potenciálně) patogenním významem v FGFR2 (rs121913474, rs121913478) u 2 pacientů s AM v horní čelisti, u jednoho z nich byla identifikována navíc i delece v ATM genu. U jednoho pacienta s AM v dolní čelisti jsme kromě patogenní varianty v BRAF genu nalezli i deleci v PIK3CA (rs397517199). Závěr: Nálezy u pacientů s AM jsou v souladu s literaturou a potvrzují specifickou spojitost mutací v genech SMO a BRAF s lokalizací AM. Také nález mutací v genech FGFR2 a PIK3CA byl očekávaný, nicméně delece v ATM genu dosud s AM asociována nebyla. V literatuře se objevuje pouze jeden případ pacientky se syndromem Luis-Barové, která je nositelkou delece v ATM genu a měla ameloblastom v dolní čelisti. Při mutaci v ATM genu má produkovaná DNA-dependentní proteinkináza sníženou funkci, jsou tak oslabeny reparační mechanismy DNA, což se projevuje zvýšenou náchylností k rozvoji maligní transformace.

Abstract (in English)

Introduction: ameloblastoma (AM) is a benign odontogenic tumor of the vitreous epithelium, characterized by locally destructive growth and frequent (about 30%) recurrence after removal. Rarely, AM may malignize. About 80% of AM occur in the mandible, usually in the angle and molar region. The most common molecular cause of ameloblastoma is thought to be mutations in the BRAF and SMO genes, with SMO mutations predominating in maxillary AM and BRAF mutations in mandibular AM. The aim of our study was to analyze possible additional mutations that may potentially contribute to the development of AM. Methods. Six patients underwent resection for AM in the mandible and four patients for AM in the maxilla. DNA was isolated from the paraffin block using the QIAamp DNA FFPE Tissue kit (Qiagen) and a sequencing library was prepared using the commercial CleanPlex OncoZoom Cancer Hotspot Kit for targeted detection of somatic mutations in 65 oncogenes and tumor suppressor genes. Results. We found an SMO mutation (rs879255280) in 4 patients with AM in the maxilla and a BRAF mutation (rs113488022) in 2 patients with AM in the mandible. In addition, mutations with (potentially) pathogenic significance in FGFR2 (rs121913474, rs121913478) were found in 2 patients with AM in the maxilla, in one of whom a deletion in the ATM gene was also identified. In addition to a pathogenic variant in the BRAF gene, we also found a deletion in PIK3CA (rs397517199) in one patient with AM in the mandible. Conclusion. Also, the finding of mutations in FGFR2 and PIK3CA genes was expected, however, deletion in ATM gene has not been associated with AM so far. There is only one case in the literature of a patient with Luis-Barr syndrome who carries a deletion in the ATM gene and had ameloblastoma in the mandible. When the ATM gene is mutated, the DNA-dependent protein kinase produced has a reduced function and DNA repair mechanisms are impaired, which results in an increased susceptibility to malignant transformation.

Links

• LM2018121, research and development project: Name: Výzkumná infrastruktura RECETOX (Acronym: RECETOX RI)

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, RECETOX RI

• LM2018132, research and development project: Name: Národní centrum lékařské genomiky (Acronym: NCLG)

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, National Center for Medical Genomics

• NU20-08-00205, research and development project: Name: Molekulární etiopatogeneze apikální periodontitidy a odontogenních cyst

Investor: Ministry of Health of the CR, Subprogram 1 - standard