Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně

ZETTLOVÁ, Kateřina, Lenka ZÁMEČNÍKOVÁ, Jan VRBSKÝ, Lukáš VACEK and Milada DVOŘÁČKOVÁ. Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně (Diagnosis of SARS-CoV-2 by NGS in St. Anne´s University Hospital Brno). In Celostátní konference DNA diagnostiky ČLS JEP. 2022.

Basic information

• Original name: Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně
• Name (in English): Diagnosis of SARS-CoV-2 by NGS in St. Anne´s University Hospital Brno
• Authors: ZETTLOVÁ, Kateřina, Lenka ZÁMEČNÍKOVÁ, Jan VRBSKÝ, Lukáš VACEK and Milada DVOŘÁČKOVÁ.
• Edition: Celostátní konference DNA diagnostiky ČLS JEP, 2022.

Other information

• Type of outcome: Presentations at conferences
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: URL
• Keywords (in Czech): NGS, SARS-CoV-2, VOC, mutace
• Keywords in English: NGS, SARS-CoV-2, VOC, mutation

Abstract

V souladu s "Národní strategií molekulárně-biologické surveillance SARS-CoV-2" bylo v dubnu 2021 zahájeno celogenomové sekvenování vzorků pozitivních na SARS-CoV-2 za účelem identifikace variant viru vyskytujících se na našem území. Covidová laboratoř Mikrobiologického ústavu FN u sv. Anny v Brně byla do sekvenační sítě zapojena v říjnu 2021. Doposud bylo námi do celosvětové databáze GISAID (www.gisaid.org) nahráno přes 2000 sekvencí. Od ledna 2022 dominovala varianta nazvaná Omicron. Zpočátku jsme detekovali její nejrozšířenější subvariantu BA.1 a její další linie. V reálném čase jsme zaznamenali rozšíření subvarianty BA.2 a jejích linií, která velmi rychle vytlačila subvariantu BA.1 a v současné době dominuje. V krátkém časovém úseku jsme zaznamenali vysoký počet změn virového genomu, včetně vzniku rekombinantní varianty. Konkrétně jsme se zaměřili na srovnání středoevropských mutací s mutacemi detekovanými ve Velké Británii, srovnali jsme stejné období a stejný počet vzorků, přičemž jsme zjišťovali výskyt unikátních mutací v naší populaci. Jako první v ČR jsme zachytili rekombinantní variantu BA.XJ jejíž nomenklatura se v mezinárodních databázích dynamicky mění.