BALVAN, Jan, Tomáš VIČAR and Klára HÁNĚLOVÁ. Analýza typu buněčné smrti kvantitativně-fázovým zobrazováním (Analysis of cell death type by quantitative phase imaging). Jan Balvan, 2022.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Analýza typu buněčné smrti kvantitativně-fázovým zobrazováním
Name in Czech Analýza typu buněčné smrti kvantitativně-fázovým zobrazováním
Name (in English) Analysis of cell death type by quantitative phase imaging
Authors BALVAN, Jan (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Tomáš VIČAR (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Klára HÁNĚLOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution).
Edition 2022.
Publisher Jan Balvan
Other information
Original language Czech
Type of outcome Research and development projects
Field of Study 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
RIV identification code RIV/00216224:14110/22:00129626
Organization unit Faculty of Medicine
Keywords (in Czech) Buněčná smrt; apoptóza; nekroptóza; feroptóza; hluboké učení; kvantitativní fázové zobrazování
Keywords in English Cell death; apoptosis; necroptosis; ferroptosis; deep learning; quantitative phase imaging
Changed by Changed by: RNDr. Jan Balvan, Ph.D., učo 141792. Changed: 5/4/2023 09:25.
Abstract
Vytvořená metoda dokáže na základě dynamiky distribuce buněčné hmoty v prostoru, bez použití barviv a protilátek, detekovat okamžik smrti buněk ve sledované populaci, zároveň také dokáže odlišit lytickou buněčnou smrt (nekrózu) od apoptózy. Co se týče odlišení specifických typů lytické buněčné smrti – různých typů nekróz, bude pravděpodobně třeba lépe optimalizovat využití jejich induktorů a inhibitorů, protože se nedařilo indukovat pouze požadované typy buněčné smrti a vzniklé datasety tak neposkytly pro analýzu obrazu dostatečně specifický materiál metodám hlubokého učení. Celkový potenciál této metody je však velký a nabízí využití nejen v oblasti detekce a analýzy buněčné smrti, ale i při detekci jiných buněčných procesů. Pro analýzu QPI obrazu byl vytvořen program v jazyce Python pro automatickou segmentaci buněk a extrakci analyzovaných parametrů (dostupný zde: https://github.com/tomasvicar/Cell_deatch_analysis).
Abstract (in English)
The developed method can detect the moment of cell death in the population of interest based on the dynamics of cell mass distribution in space, without the use of dyes and antibodies, and can also distinguish lytic cell death (necrosis) from apoptosis. In terms of distinguishing specific types of lytic cell death - different types of necrosis, the use of their inducers and inhibitors will probably need to be better optimized, as only the desired types of cell death could not be induced and the resulting datasets did not provide specific enough material for deep learning methods for image analysis. However, the overall potential of this method is great and offers applications not only in the detection and analysis of cell death but also in the detection of other cellular processes. For QPI image analysis, a Python program has been developed for automatic cell segmentation and extraction of the analyzed parameters (available here: https://github.com/tomasvicar/Cell_deatch_analysis).
Links
TP01010039, research and development projectName: Posílení systému komercializace výsledků VaV na Masarykově univerzitě (Acronym: POSTKOM)
Investor: Technology Agency of the Czech Republic, Subprogram 1
PrintDisplayed: 18/7/2024 10:52