2021
4D-CHAINS
EVANGELIDIS, Thomas a Konstantinos TRIPSIANESZákladní údaje
Originální název
4D-CHAINS
Autoři
EVANGELIDIS, Thomas (300 Řecko, domácí) a Konstantinos TRIPSIANES (300 Řecko, garant, domácí)
Vydání
2021
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Software
Obor
10608 Biochemistry and molecular biology
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14740/21:00133155
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
Klíčová slova anglicky
protein;NMR;assignment;structure;
Technické parametry
Software licencovaný firmě AIffinity (www.aiffinity.cz, IČO 11992719), licenční smlouva uzavřená dne 20.10.2021.
Štítky
Změněno: 5. 3. 2024 10:46, Mgr. Eva Dubská
Anotace
V originále
Automated methods for NMR structure determination of proteins are continuously becoming more robust. However, current methods addressing larger, more complex targets rely on analyzing 6–10 complementary spectra, suggesting the need for alternative approaches. Here, we describe 4D-CHAINS/autoNOE-Rosetta, a complete pipeline for NOE-driven structure determination of medium- to larger-sized proteins. The 4D-CHAINS algorithm analyzes two 4D spectra recorded using a single, fully protonated protein sample in an iterative ansatz where common NOEs between different spin systems supplement conventional through-bond connectivities to establish assignments of sidechain and backbone resonances at high levels of completeness and with a minimum error rate. The 4D-CHAINS assignments are then used to guide automated assignment of long-range NOEs and structure refinement in autoNOE-Rosetta. Our results on four targets ranging in size from 15.5 to 27.3 kDa illustrate that the structures of proteins can be determined accurately and in an unsupervised manner in a matter of days.
Návaznosti
| MUNI/E/0086/2017, interní kód MU |
|