Laboratoře analýzy mikrobiomu - ušní, nasální a orální bakteriom

BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra, Eva KLVAŇOVÁ, Michal BARTOŠ, Milan URÍK, Zuzana MARINČÁK VRANKOVÁ, Pavel HORNÍK, Petra BRENEROVÁ, Lenka BODOKYOVÁ, Pavla HOLOCHOVÁ, Jana VRZALOVÁ, Jan BÖHM, Vojtěch BARTOŇ, Petra RŮŽIČKOVÁ and Jana KLÁNOVÁ. Laboratoře analýzy mikrobiomu - ušní, nasální a orální bakteriom (Laboratories for microbiome analysis - ear, nasal, and oral bacteriome). In Otologický den. 2023.

Basic information

• Original name: Laboratoře analýzy mikrobiomu - ušní, nasální a orální bakteriom
• Name (in English): Laboratories for microbiome analysis - ear, nasal, and oral bacteriome
• Authors: BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Eva KLVAŇOVÁ (203 Czech Republic), Michal BARTOŠ (203 Czech Republic), Milan URÍK (703 Slovakia), Zuzana MARINČÁK VRANKOVÁ (703 Slovakia), Pavel HORNÍK (203 Czech Republic), Petra BRENEROVÁ (203 Czech Republic), Lenka BODOKYOVÁ (703 Slovakia), Pavla HOLOCHOVÁ (203 Czech Republic), Jana VRZALOVÁ (203 Czech Republic), Jan BÖHM (203 Czech Republic), Vojtěch BARTOŇ (203 Czech Republic), Petra RŮŽIČKOVÁ (203 Czech Republic) and Jana KLÁNOVÁ (203 Czech Republic).
• Edition: Otologický den, 2023.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: 10608 Biochemistry and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/23:00133572
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: infrastructure; microbiome

Abstract

Výzkumná činnost centra RECETOX je podporována nejmodernější výzkumnou infrastrukturou, která je částečně centralizovaná do samostatných jednotek, tzv. core facilit. Výzkumná infrastruktura funguje na principu „open access“, v rámci kterého poskytuje své kapacity interním i externím uživatelům z akademické i průmyslové sféry. Součástí našich Centrálních laboratoří je také core facilita Laboratoře analýzy mikrobiomu, ve které se zabýváme analýzou mikrobiomu humánních, animálních i environmentálních vzorků, a to s využitím moderních metod sekvenování nové generace. Kromě vlastní analýzy vzorků, nabízíme i pomoc s designem metagenomických studií, vyhodnocením a interpretací sekvenačních dat. Lidský mikrobiom, neboli soubor genetické informace mikrobioty, je specifický pro lokalitu, ze které pochází. V orofaciální oblasti je dosud nejvíce prostudován orální mikrobiom, v době pandemie Covid-19 se významně více studií začalo věnovat mikrobiomu nasálnímu a nasopharyngeálnímu. Mezi mikrobiomem dutiny ústní a nosní a mikrobiomem ucha mohou být specifické vztahy, kdy dochází k vzájemnému ovlivnění, především pak u malých dětí. Mikrobiom ucha, nejen vnějšího ale i středního, je předmětem zájmu našeho výzkumu u pacientů s akutní nebo s chronickou otitis media.

Abstract (in English)

The research activities of the RECETOX Centre are supported by state-of-the-art research infrastructure, which is partially centralised in separate units, the so-called core facilities. The research infrastructure operates on the principle of "open access", providing its capacity to internal and external users from both academia and industry. Our Central Laboratories also include a core facility, the Microbiome Analysis Laboratory, where we analyse the microbiome of human, animal and environmental samples using modern next-generation sequencing methods. In addition to actual sample analysis, we offer assistance with metagenomic study design, evaluation and interpretation of sequencing data. The human microbiome, or the set of genetic information of the microbiota, is specific to the location from which it originates. In the orofacial region, the oral microbiome has been the most studied to date, with significantly more studies beginning to focus on the nasal and nasopharyngeal microbiome at the time of the Covid-19 pandemic. There may be specific relationships between the oral and nasal microbiome and the ear microbiome, where there are interactions, particularly in young children. The microbiome of the ear, not only the external but also the middle ear, has been the focus of our research in patients with acute or chronic otitis media.

Links

• EF17_043/0009632, research and development project: Name: CETOCOEN Excellence
• LM2023069, research and development project: Name: Výzkumná infrastruktura RECETOX

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, RECETOX research infrastructure