Podrobný výpis o publikaci

KACOVÁ, Radoslava. Integrácia, katalogizácia, FAIRifikácia a celková správa biobankových a klinických dát. In 43. IMUNOANALYTICKÉ DNY PLZEŇ. 2023.

Další formáty: BibTeX LaTeX RIS

TY  - SLIDE
ID  - 2402377
AU  - Kacová, Radoslava
PY  - 2023
TI  - Integrácia, katalogizácia, FAIRifikácia a celková správa biobankových a klinických dát
UR  - https://iadcongress.eu/wp-content/uploads/2023/06/IAD23-sbornik-TISK-final.pdf
N2  - Jednou z techník, ktorá je na odporučenie interdisciplinárneho tímu odborníkov tzv. Molecular Tumour Board (MTB) na Masarykovom onkologickom ústave často využívaná, je sekvenácia somatickej DNA u vybraných pacientov. Napriek tomu, že táto technika generuje obrovské množstvo dát s potenciálom ich sekundárneho využitia vo výskume, samotné zdieľanie dát pre výskumné účely je mimoriadne zložité. Dôvodom je často ich nedostatočný popis, správa a chýbajúca platforma pre prezentáciu ich existencie. Súvisiacim problémom sú vysoké kapacitné nároky na ukladanie veľkého objemu dát a ich zabezpečenie. Nielen že sú tieto dáta vystavené nebezpečenstvu úplnej straty z dôvodu degradácie nosičov, na ktorých sú veľa krát neodborne skladované, ale ich spätné dohľadanie a prepojenie s inými dátami rovnakého pacienta je komplikované a niekedy až nereálne kvôli nesystematicky používaným identifikátorom a označeniam. Cieľom tejto práce bolo vytvoriť návrh správy citlivých nemocničných dát a položiť základy integračného centra, ktoré zaistí súlad dát s tzv. FAIR princípmi. Tieto princípy zabezpečujú, že dáta sú nájditeľné (findability), prístupné (accessibility), interoperabilné (interoperability) a v konečnom dôsledku znovu-využiteľné (reusability). Výstupom práce je návrh správy dát (tzv. data pipeline), v rámci ktorého bol vytvorený metadátový katalóg slúžiaci ako jednotná platforma pre vystavenie metadát a navrhnuté cloudové prostredie pre ukladanie citlivých dát pomocou služby SensitiveCloud. Úlohou pripravovaného posteru je informovať o novo vzniknutej data pipeline, ktorá môže slúžiť ako inšpirácia pre biobanky, ktoré chcú okrem biologických vzoriek svojim žiadateľom ponúkať aj pridružené dáta (sekvenačné, rádiologické atď.), ktoré majú potenciál obohatiť výskum a priniesť zaujímavé poznatky do sveta medicíny.
ER  -

Základní údaje
Originální název	Integrácia, katalogizácia, FAIRifikácia a celková správa biobankových a klinických dát
Autoři	KACOVÁ, Radoslava.
Vydání	43. IMUNOANALYTICKÉ DNY PLZEŇ, 2023.

Další údaje
Typ výsledku	Vyžádané přednášky
Utajení	není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW	zborník abstraktov, str. 26
Změnil	Změnila: Mgr. Radoslava Kacová, učo 465089. Změněno: 24. 5. 2024 10:16.

Anotace
Jednou z techník, ktorá je na odporučenie interdisciplinárneho tímu odborníkov tzv. Molecular Tumour Board (MTB) na Masarykovom onkologickom ústave často využívaná, je sekvenácia somatickej DNA u vybraných pacientov. Napriek tomu, že táto technika generuje obrovské množstvo dát s potenciálom ich sekundárneho využitia vo výskume, samotné zdieľanie dát pre výskumné účely je mimoriadne zložité. Dôvodom je často ich nedostatočný popis, správa a chýbajúca platforma pre prezentáciu ich existencie. Súvisiacim problémom sú vysoké kapacitné nároky na ukladanie veľkého objemu dát a ich zabezpečenie. Nielen že sú tieto dáta vystavené nebezpečenstvu úplnej straty z dôvodu degradácie nosičov, na ktorých sú veľa krát neodborne skladované, ale ich spätné dohľadanie a prepojenie s inými dátami rovnakého pacienta je komplikované a niekedy až nereálne kvôli nesystematicky používaným identifikátorom a označeniam. Cieľom tejto práce bolo vytvoriť návrh správy citlivých nemocničných dát a položiť základy integračného centra, ktoré zaistí súlad dát s tzv. FAIR princípmi. Tieto princípy zabezpečujú, že dáta sú nájditeľné (findability), prístupné (accessibility), interoperabilné (interoperability) a v konečnom dôsledku znovu-využiteľné (reusability). Výstupom práce je návrh správy dát (tzv. data pipeline), v rámci ktorého bol vytvorený metadátový katalóg slúžiaci ako jednotná platforma pre vystavenie metadát a navrhnuté cloudové prostredie pre ukladanie citlivých dát pomocou služby SensitiveCloud. Úlohou pripravovaného posteru je informovať o novo vzniknutej data pipeline, ktorá môže slúžiť ako inšpirácia pre biobanky, ktoré chcú okrem biologických vzoriek svojim žiadateľom ponúkať aj pridružené dáta (sekvenačné, rádiologické atď.), ktoré majú potenciál obohatiť výskum a priniesť zaujímavé poznatky do sveta medicíny.

Anotace

Jednou z techník, ktorá je na odporučenie interdisciplinárneho tímu odborníkov tzv. Molecular Tumour Board (MTB) na Masarykovom onkologickom ústave často využívaná, je sekvenácia somatickej DNA u vybraných pacientov. Napriek tomu, že táto technika generuje obrovské množstvo dát s potenciálom ich sekundárneho využitia vo výskume, samotné zdieľanie dát pre výskumné účely je mimoriadne zložité. Dôvodom je často ich nedostatočný popis, správa a chýbajúca platforma pre prezentáciu ich existencie. Súvisiacim problémom sú vysoké kapacitné nároky na ukladanie veľkého objemu dát a ich zabezpečenie. Nielen že sú tieto dáta vystavené nebezpečenstvu úplnej straty z dôvodu degradácie nosičov, na ktorých sú veľa krát neodborne skladované, ale ich spätné dohľadanie a prepojenie s inými dátami rovnakého pacienta je komplikované a niekedy až nereálne kvôli nesystematicky používaným identifikátorom a označeniam. Cieľom tejto práce bolo vytvoriť návrh správy citlivých nemocničných dát a položiť základy integračného centra, ktoré zaistí súlad dát s tzv. FAIR princípmi. Tieto princípy zabezpečujú, že dáta sú nájditeľné (findability), prístupné (accessibility), interoperabilné (interoperability) a v konečnom dôsledku znovu-využiteľné (reusability). Výstupom práce je návrh správy dát (tzv. data pipeline), v rámci ktorého bol vytvorený metadátový katalóg slúžiaci ako jednotná platforma pre vystavenie metadát a navrhnuté cloudové prostredie pre ukladanie citlivých dát pomocou služby SensitiveCloud. Úlohou pripravovaného posteru je informovať o novo vzniknutej data pipeline, ktorá môže slúžiť ako inšpirácia pre biobanky, ktoré chcú okrem biologických vzoriek svojim žiadateľom ponúkať aj pridružené dáta (sekvenačné, rádiologické atď.), ktoré majú potenciál obohatiť výskum a priniesť zaujímavé poznatky do sveta medicíny.