Charakterizace variability genomu kmenů nového
multirezistentního poddruhu Staphylococcus hominis subsp.
novobiosepticus v České republice

D 2001

Charakterizace variability genomu kmenů nového multirezistentního poddruhu Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus v České republice

PANTŮČEK, Roman, Roman RYBÁŘ, Petr PETRÁŠ, Ivo SEDLÁČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ et. al.

Basic information

Original name

Charakterizace variability genomu kmenů nového multirezistentního poddruhu Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus v České republice

Name (in English)

Characterization of genomic variability of new multiresistant subspecies Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus in Czech Republic

Authors

PANTŮČEK, Roman (203 Czech Republic), Roman RYBÁŘ (203 Czech Republic), Petr PETRÁŠ, Ivo SEDLÁČEK (203 Czech Republic), Vladislava RŮŽIČKOVÁ (203 Czech Republic) and Jiří DOŠKAŘ (203 Czech Republic)

Edition

Brno, V. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů, p. 40-40, 2001

Publisher

Masarykova univerzita v Brně

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14310/01:00005396

Organization unit

Faculty of Science

ISBN

80-210-2538-7

Změněno: 30/10/2003 15:36, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Abstract

ORIG EN

V originále

Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus (SHN) je nový nedávno popsaný koaguláza-negativní poddruh, který bývá izolován ze klinického materiálu humánního původu, především z hemokultur. Kmeny jsou silně virulentní a všechny vykazují multirezistenci k antibiotikům. SHN je důležitým nosokomiálním agens, zatím je však přehlížený, jak u nás, tak i v zahraničních mikrobiologických laboratořích. Cílem práce bylo stanovit genetickou variabilitu u 70 kmenů izolovaných v 13 laboratořích klinické mikrobiologie v České republice v letech 1996 - 2000. Identifikace kmenů byla provedena pomocí systémů STAPHYTest 16, API Staph a diskového testu na rezistenci k novobiocinu (disk 5 mg). Studované kmeny vykazovaly následující rezistence k antibiotikům stanovené diskovou metodou: oxacilin (98 % kmenů), erytromycin (91 %), klindamycin (95 %), ciprofloxacin (92 %), chloramfenikol (82 %), gentamicin (77 %), amoxicilin s klavulanovou kyselinou (77 %), tetracyklin (20 %), rifampicin (27 %), teikoplanin (3 %). Rezistence k oxacilinu byla potvrzena PCR-amplifikací mecA genu, při které byl získán pozitivní výsledek i u 2 citlivých kmenů. Při stanovení genetické variability kmenů pomocí analýzy plazmidových profilů, PCR-ribotypizace, makrorestrikční analýzy a AP-PCR bylo provedeno srovnání 70 studovaných kmenů SHN s 10 multirezistentními kmeny poddruhu S. hominis subsp. hominis. Při analýze obsahu plazmidů bylo odlišeno pouze 12 různých plazmidových profilů, z nichž dva byly společné oběma poddruhům. Výsledky amplifikace mezerníkových oblastí 16S-23S rDNA neumožnily odlišit kmeny SHN ani navzájem, ani od nominálního poddruhu, čož svědčí o blízké příbuznosti obou poddruhů. Při analýze pomocí AP-PCR byly použity primery RW3A, BG2, ERIC1, ERIC2 a IS256. Nejvyšší diskriminační schopnost měla amplifikace s primerem ERIC2, avšak výsledky AP-PCR neumožnily podobně jako PCR-ribotypizace odlišit navzájem kmeny obou poddruhů. Nejpřesnějších výsledků bylo dosaženo pomocí SmaI makrorestrikční analýzy provedené pulzní gelovou elektroforézou (PFGE), která umožnila jednoznačně odlišit kmeny SHN od druhého poddruhu S. hominis subsp. hominis na hladině podobnosti 25%. Podobnost makrorestrikčních spekter genomové DNA se u SHN pohybovala v rozmezí 35-100 %. U 70 studovaných kmenů bylo identifikováno 32 makrorestrikčních profilů, které je možno rozdělit na základě sestaveného dendrogramu do 14 klonálních typů. PFGE se proto jeví jako nejvhodnější metoda pro studium molekulární epidemiologie u SHN.

In English

in Czech

Links

MSM 143100008, plan (intention)

Name: Genomy a jejich funkce

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Genomes and their functions

Citovat

PANTŮČEK, Roman, Roman RYBÁŘ, Petr PETRÁŠ, Ivo SEDLÁČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ and Jiří DOŠKAŘ. Charakterizace variability genomu kmenů nového multirezistentního poddruhu Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus v České republice (Characterization of genomic variability of new multiresistant subspecies Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus in Czech Republic). In V. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2001, p. 40. ISBN 80-210-2538-7.

@inproceedings{390514,
   author = {Pantůček, Roman and Rybář, Roman and Petráš, Petr and Sedláček, Ivo and Růžičková, Vladislava and Doškař, Jiří},
   address = {Brno},
   booktitle = {V. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů},
   language = {cze},
   location = {Brno},
   isbn = {80-210-2538-7},
   pages = {40-40},
   publisher = {Masarykova univerzita v Brně},
   title = {Charakterizace variability genomu kmenů nového multirezistentního poddruhu Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus v České republice},
   year = {2001}
}

TY  - JOUR
ID  - 390514
AU  - Pantůček, Roman - Rybář, Roman - Petráš, Petr - Sedláček, Ivo - Růžičková, Vladislava - Doškař, Jiří
PY  - 2001
TI  - Charakterizace variability genomu kmenů nového multirezistentního poddruhu Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus v České republice
PB  - Masarykova univerzita v Brně
CY  - Brno
SN  - 8021025387
N2  - Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus (SHN) je nový nedávno popsaný koaguláza-negativní poddruh, který bývá izolován ze klinického materiálu humánního původu, především z hemokultur. Kmeny jsou silně virulentní a všechny vykazují multirezistenci k antibiotikům. SHN je důležitým nosokomiálním agens, zatím je však přehlížený, jak u nás, tak i v zahraničních mikrobiologických laboratořích. Cílem práce bylo stanovit genetickou variabilitu u 70 kmenů izolovaných v 13 laboratořích klinické mikrobiologie v České republice v letech 1996 - 2000. Identifikace kmenů byla provedena pomocí systémů STAPHYTest 16, API Staph a diskového testu na rezistenci k novobiocinu (disk 5 mg). Studované kmeny vykazovaly následující rezistence k antibiotikům stanovené diskovou metodou: oxacilin (98 % kmenů), erytromycin (91 %), klindamycin (95 %), ciprofloxacin (92 %), chloramfenikol (82 %), gentamicin (77 %), amoxicilin s klavulanovou kyselinou (77 %), tetracyklin (20 %), rifampicin (27 %), teikoplanin (3 %). Rezistence k oxacilinu byla potvrzena PCR-amplifikací mecA genu, při které byl získán pozitivní výsledek i u 2 citlivých kmenů. Při stanovení genetické variability kmenů pomocí analýzy plazmidových profilů, PCR-ribotypizace, makrorestrikční analýzy a AP-PCR bylo provedeno srovnání 70 studovaných kmenů SHN s 10 multirezistentními kmeny poddruhu S. hominis subsp. hominis. Při analýze obsahu plazmidů bylo odlišeno pouze 12 různých plazmidových profilů, z nichž dva byly společné oběma poddruhům. Výsledky amplifikace mezerníkových oblastí 16S-23S rDNA neumožnily odlišit kmeny SHN ani navzájem, ani od nominálního poddruhu, čož svědčí o blízké příbuznosti obou poddruhů. Při analýze pomocí AP-PCR byly použity primery RW3A, BG2, ERIC1, ERIC2 a IS256. Nejvyšší diskriminační schopnost měla amplifikace s primerem ERIC2, avšak výsledky AP-PCR neumožnily podobně jako PCR-ribotypizace odlišit navzájem kmeny obou poddruhů. Nejpřesnějších výsledků bylo dosaženo pomocí SmaI makrorestrikční analýzy provedené pulzní gelovou elektroforézou (PFGE), která umožnila jednoznačně odlišit kmeny SHN od druhého poddruhu S. hominis subsp. hominis na hladině podobnosti 25%. Podobnost makrorestrikčních spekter genomové DNA se u SHN pohybovala v rozmezí 35-100 %. U 70 studovaných kmenů bylo identifikováno 32 makrorestrikčních profilů, které je možno rozdělit na základě sestaveného dendrogramu do 14 klonálních typů. PFGE se proto jeví jako nejvhodnější metoda pro studium molekulární epidemiologie u SHN.
ER  -

PANTŮČEK, Roman, Roman RYBÁŘ, Petr PETRÁŠ, Ivo SEDLÁČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ and Jiří DOŠKAŘ. Charakterizace variability genomu kmenů nového multirezistentního poddruhu $<$I$>$Staphylococcus hominis$<$/I$>$ subsp. $<$I$>$novobiosepticus$<$/I$>$ v České republice (Characterization of genomic variability of new multiresistant subspecies $<$I$>$Staphylococcus hominis$<$/I$>$ subsp. $<$I$>$novobiosepticus$<$/I$>$ in Czech Republic). In \textit{V. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů}. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2001, p.~40. ISBN~80-210-2538-7.

Detailed Information on Publication Record