Detailed Information on Publication Record

STONEBERG HOLT, Sierra Dawn, Lucie HOROVÁ and Petr BUREŠ. Variabilita DNA v okruhu Poa pratensis v České republice (DNA variability of Poa pratensis agg. in the Czech Republic). In IXth Congress of the Czech Botanical Society / IX. Sjezd České botanické společnosti: Abstracts. Praha: Česká botanická společnost, 2002, p. 107-108. ISBN 80-86632-02-4.

Other formats: BibTeX LaTeX RIS

TY  - JOUR
ID  - 405418
AU  - Stoneberg Holt, Sierra Dawn - Horová, Lucie - Bureš, Petr
PY  - 2002
TI  - Variabilita DNA v okruhu Poa pratensis v České republice
PB  - Česká botanická společnost
CY  - Praha
SN  - 8086632024
KW  - Flow cytometry
KW  - cpDNA
KW  - restriction analysis
KW  - trnL-trnF
N2  - Analýza množství jaderné DNA průtokovou cytometrií a nekódující chloroplastové DNA pomocí restrikční analýzy potvrdila variabilitu DNA v okruhu Poa pratensis v rámci České republiky. Množství celkové jaderné DNA bylo určeno pro padesát dvě rostliny ze sedmnácti lokalit z České republiky, převážně z Moravy. Největší množství DNA obsahovalo sedm vzorků rostlin z okolí Chrudimi. Pomocí standartu (rostlina o známém váhovém množství DNA a zároveň s přesně určeným množstvím chromozomů) bylo množství jaderné DNA přepočteno na množství chromozomů a tímto byl jejich počet stanoven na šedesát osm až osmdesát jeden chromosom. Stejným postupem byl počet chromosomů určen u dalších vzorků. Čtrnáct rostlin z okolí Brna mělo podle výpočtů třicet jeden až padesát šest chromosomů. Dvě rostliny z Moravského krasu měly třicet dva chromosomy. Rostliny na jih od Brna měly všechny nízké množství jaderné DNA, které odpovídalo třiceti až čtyřiceti pěti chromosomům. Z toho lze usuzovat na možnost, že v Panonii mají zástupci okruhu Poa pratensis menší obsah jaderné DNA než v jiných oblastech. Pro další posouzení variability Poa pratensis bylo použito úseku chloroplastové DNA, kterým byla nekódující sekvence trnL intronu a trnL-trnF intergenového spaceru. Provedli jsme restrikční analýzu s použitím endonukleáz Alu I, BsaJ I a Bsm I. Jako vzor byly použity tři odrůdy, pocházející ze Šlechtitelské stanice Hladké Životice. U nich byly nalezeny tři typy této sekvence, které byly označeny písmeny MM, MS a HM. Ve sto dvaceti vzorcích pocházejících z Evropy, Severní Ameriky a Asie byly pak tyto tři typy nalezeny také plus jeden další, který se u vzorových kultivarů nevyskytoval. Celkový počet analyzovaných rostlin z České republiky byl dvacet tři, z toho sekvenci chloroplastové DNA typu MS měly rostliny z okolí Brna, jedna z okolí Chrudimi, dvě z jižních Čech, dále pak z Moravského krasu a z jižní Moravy. Sekvenci DNA typu MM měla jedna rostlina z Ostopovic u Brna a jedna z okolí Chrudimi. Konečně sekvenci DNA typu HM měla pouze jedna rostlina a to z Ivančic u Brna. Je zajímavé, že na tak poměrně malém území byly nalezeny téměř všechny typy, jako na různých místech severní polokoule. Nebyla nalezena souvislost mezi typem sekvence chloroplastové DNA a určeným množstvím jaderné DNA u dané rostliny.
ER  -

Basic information
Original name	Variabilita DNA v okruhu Poa pratensis v České republice
Name (in English)	DNA variability of Poa pratensis agg. in the Czech Republic
Authors	STONEBERG HOLT, Sierra Dawn (840 United States of America, guarantor, belonging to the institution), Lucie HOROVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Petr BUREŠ (203 Czech Republic, belonging to the institution).
Edition	Praha, IXth Congress of the Czech Botanical Society / IX. Sjezd České botanické společnosti: Abstracts, p. 107-108, 2002.
Publisher	Česká botanická společnost

Other information
Original language	Czech
Type of outcome	Proceedings paper
Field of Study	10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher	Czech Republic
Confidentiality degree	is not subject to a state or trade secret
Publication form	printed version "print"
RIV identification code	RIV/00216224:14310/02:00006429
Organization unit	Faculty of Science
ISBN	80-86632-02-4
Keywords in English	Flow cytometry; cpDNA; restriction analysis; trnL-trnF
Tags	cpDNA, flow cytometry, restriction analysis, trnL-trnF
Tags	International impact
Changed by	Changed by: prof. RNDr. Petr Bureš, Ph.D., učo 2635. Changed: 26/3/2019 21:49.

Abstract
Analýza množství jaderné DNA průtokovou cytometrií a nekódující chloroplastové DNA pomocí restrikční analýzy potvrdila variabilitu DNA v okruhu Poa pratensis v rámci České republiky. Množství celkové jaderné DNA bylo určeno pro padesát dvě rostliny ze sedmnácti lokalit z České republiky, převážně z Moravy. Největší množství DNA obsahovalo sedm vzorků rostlin z okolí Chrudimi. Pomocí standartu (rostlina o známém váhovém množství DNA a zároveň s přesně určeným množstvím chromozomů) bylo množství jaderné DNA přepočteno na množství chromozomů a tímto byl jejich počet stanoven na šedesát osm až osmdesát jeden chromosom. Stejným postupem byl počet chromosomů určen u dalších vzorků. Čtrnáct rostlin z okolí Brna mělo podle výpočtů třicet jeden až padesát šest chromosomů. Dvě rostliny z Moravského krasu měly třicet dva chromosomy. Rostliny na jih od Brna měly všechny nízké množství jaderné DNA, které odpovídalo třiceti až čtyřiceti pěti chromosomům. Z toho lze usuzovat na možnost, že v Panonii mají zástupci okruhu Poa pratensis menší obsah jaderné DNA než v jiných oblastech. Pro další posouzení variability Poa pratensis bylo použito úseku chloroplastové DNA, kterým byla nekódující sekvence trnL intronu a trnL-trnF intergenového spaceru. Provedli jsme restrikční analýzu s použitím endonukleáz Alu I, BsaJ I a Bsm I. Jako vzor byly použity tři odrůdy, pocházející ze Šlechtitelské stanice Hladké Životice. U nich byly nalezeny tři typy této sekvence, které byly označeny písmeny MM, MS a HM. Ve sto dvaceti vzorcích pocházejících z Evropy, Severní Ameriky a Asie byly pak tyto tři typy nalezeny také plus jeden další, který se u vzorových kultivarů nevyskytoval. Celkový počet analyzovaných rostlin z České republiky byl dvacet tři, z toho sekvenci chloroplastové DNA typu MS měly rostliny z okolí Brna, jedna z okolí Chrudimi, dvě z jižních Čech, dále pak z Moravského krasu a z jižní Moravy. Sekvenci DNA typu MM měla jedna rostlina z Ostopovic u Brna a jedna z okolí Chrudimi. Konečně sekvenci DNA typu HM měla pouze jedna rostlina a to z Ivančic u Brna. Je zajímavé, že na tak poměrně malém území byly nalezeny téměř všechny typy, jako na různých místech severní polokoule. Nebyla nalezena souvislost mezi typem sekvence chloroplastové DNA a určeným množstvím jaderné DNA u dané rostliny.

Abstract

Analýza množství jaderné DNA průtokovou cytometrií a nekódující chloroplastové DNA pomocí restrikční analýzy potvrdila variabilitu DNA v okruhu Poa pratensis v rámci České republiky. Množství celkové jaderné DNA bylo určeno pro padesát dvě rostliny ze sedmnácti lokalit z České republiky, převážně z Moravy. Největší množství DNA obsahovalo sedm vzorků rostlin z okolí Chrudimi. Pomocí standartu (rostlina o známém váhovém množství DNA a zároveň s přesně určeným množstvím chromozomů) bylo množství jaderné DNA přepočteno na množství chromozomů a tímto byl jejich počet stanoven na šedesát osm až osmdesát jeden chromosom. Stejným postupem byl počet chromosomů určen u dalších vzorků. Čtrnáct rostlin z okolí Brna mělo podle výpočtů třicet jeden až padesát šest chromosomů. Dvě rostliny z Moravského krasu měly třicet dva chromosomy. Rostliny na jih od Brna měly všechny nízké množství jaderné DNA, které odpovídalo třiceti až čtyřiceti pěti chromosomům. Z toho lze usuzovat na možnost, že v Panonii mají zástupci okruhu Poa pratensis menší obsah jaderné DNA než v jiných oblastech. Pro další posouzení variability Poa pratensis bylo použito úseku chloroplastové DNA, kterým byla nekódující sekvence trnL intronu a trnL-trnF intergenového spaceru. Provedli jsme restrikční analýzu s použitím endonukleáz Alu I, BsaJ I a Bsm I. Jako vzor byly použity tři odrůdy, pocházející ze Šlechtitelské stanice Hladké Životice. U nich byly nalezeny tři typy této sekvence, které byly označeny písmeny MM, MS a HM. Ve sto dvaceti vzorcích pocházejících z Evropy, Severní Ameriky a Asie byly pak tyto tři typy nalezeny také plus jeden další, který se u vzorových kultivarů nevyskytoval. Celkový počet analyzovaných rostlin z České republiky byl dvacet tři, z toho sekvenci chloroplastové DNA typu MS měly rostliny z okolí Brna, jedna z okolí Chrudimi, dvě z jižních Čech, dále pak z Moravského krasu a z jižní Moravy. Sekvenci DNA typu MM měla jedna rostlina z Ostopovic u Brna a jedna z okolí Chrudimi. Konečně sekvenci DNA typu HM měla pouze jedna rostlina a to z Ivančic u Brna. Je zajímavé, že na tak poměrně malém území byly nalezeny téměř všechny typy, jako na různých místech severní polokoule. Nebyla nalezena souvislost mezi typem sekvence chloroplastové DNA a určeným množstvím jaderné DNA u dané rostliny.

Abstract (in English)
Analysis of total DNA content by flow cytometry and of noncoding chloroplast DNA using restriction enzymes indicated DNA variability in Poa pratensis agg. within the Czech Republic. Total DNA content was measured for 52 plants from seventeen locations in the Czech Republic, primarily from Moravia. The greatest DNA content was found in 7 plants from the Chrudim area. Using a standard (a plant with a known amount of DNA and precise chromosome count) the amount of nuclear DNA was converted to chromosome number, which spanned from 68 to 81 chromosomes. This method was used for all measurements. 14 plants from the Brno area had (according to this conversion) 31 to 56 chromosomes. Two plants from the Moravian karst had 32 chromosomes. Plants from south of Brno all had low amounts of nuclear DNA, from 30 to 45 chromosomes. It is possible to consider that the Panonian representatives of Poa pratensis agg. contain less nuclear DNA than those of other areas. Variability was also studied using the noncoding trnL intron and trnL-F intergenic spacer from the chloroplast. Restriction analysis was carried out using Alu I, BsaJ I, and Bsm I. Three cultivars from the Plant Breeding Station Hladké Životice were used as models. Three types of sequence, labeled MM, MS and HM were found within them. In 120 samples from Europe, North America and Asia these three types were found as well as one additional type. The total number of analyzed plants from the Czech Republic was 23, of which type MS was found in plants from the Brno area, one from Chrudim, 2 from South Bohemia, from the Moravian Karst and from Southern Moravia. Type MM was found in one plant from Ostopovice u Brna and one from the Chrudim area. Type HM was found in only one plant from Ivančice u Brna. It is interesting that in such a small area, nearly all the types found in various places in the Northern Hemisphere were found. No relationship was found between the type of chloroplast DNA and the amount of nuclear DNA for a given plant.

Abstract (in English)

Analysis of total DNA content by flow cytometry and of noncoding chloroplast DNA using restriction enzymes indicated DNA variability in Poa pratensis agg. within the Czech Republic. Total DNA content was measured for 52 plants from seventeen locations in the Czech Republic, primarily from Moravia. The greatest DNA content was found in 7 plants from the Chrudim area. Using a standard (a plant with a known amount of DNA and precise chromosome count) the amount of nuclear DNA was converted to chromosome number, which spanned from 68 to 81 chromosomes. This method was used for all measurements. 14 plants from the Brno area had (according to this conversion) 31 to 56 chromosomes. Two plants from the Moravian karst had 32 chromosomes. Plants from south of Brno all had low amounts of nuclear DNA, from 30 to 45 chromosomes. It is possible to consider that the Panonian representatives of Poa pratensis agg. contain less nuclear DNA than those of other areas. Variability was also studied using the noncoding trnL intron and trnL-F intergenic spacer from the chloroplast. Restriction analysis was carried out using Alu I, BsaJ I, and Bsm I. Three cultivars from the Plant Breeding Station Hladké Životice were used as models. Three types of sequence, labeled MM, MS and HM were found within them. In 120 samples from Europe, North America and Asia these three types were found as well as one additional type. The total number of analyzed plants from the Czech Republic was 23, of which type MS was found in plants from the Brno area, one from Chrudim, 2 from South Bohemia, from the Moravian Karst and from Southern Moravia. Type MM was found in one plant from Ostopovice u Brna and one from the Chrudim area. Type HM was found in only one plant from Ivančice u Brna. It is interesting that in such a small area, nearly all the types found in various places in the Northern Hemisphere were found. No relationship was found between the type of chloroplast DNA and the amount of nuclear DNA for a given plant.

Links
MSM 143100010, plan (intention)	Name: Časoprostorová dynamika biodiverzity v ekosystémech střední Evropy.
MSM 143100010, plan (intention)	Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Spatiotemporal biodiversity dynamics in ecosystems of Central Europe