PADRTA, Petr, Richard ŠTEFL, Lukáš KRÁLÍK, Lukáš ŽÍDEK a Vladimír SKLENÁŘ. Refinement of d(GCGAAGC) hairpin structure using one- and two-bond residual dipolar couplings. Journal of Biomolecular NMR. Dordrecht: Kluwer/Escom, 2002, roč. 24, č. 1, s. 1-14. ISSN 0925-2738.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Refinement of d(GCGAAGC) hairpin structure using one- and two-bond residual dipolar couplings
Autoři PADRTA, Petr (203 Česká republika), Richard ŠTEFL (203 Česká republika), Lukáš KRÁLÍK (203 Česká republika), Lukáš ŽÍDEK (203 Česká republika) a Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, garant).
Vydání Journal of Biomolecular NMR, Dordrecht, Kluwer/Escom, 2002, 0925-2738.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Nizozemsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 2.833
Kód RIV RIV/00216224:14310/02:00006455
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
UT WoS 000178550700001
Klíčová slova anglicky DNA hairpin; NMR; refinement; residual dipolar couplings
Štítky DNA hairpin, NMR, REFINEMENT, residual dipolar couplings
Změnil Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 20. 6. 2008 12:55.
Anotace
The structure of the 13C,15N-labeled d(GCGAAGC) hairpin, as determined by NMR spectroscopy and refined using molecular dynamics with NOE-derived distances, torsion angles, and residual dipolar couplings (RDCs), is presented. Although the studied molecule is of small size, it is demonstrated that the incorporation of diminutive RDCs can significantly improve local structure determination of regions undefined by the conventional restraints. Very good correlation between the experimental and back-calculated small one- and two-bond 1H-13C, 1H-15N, 13C-13C, and 13C-15N coupling constants has been attained. The final structures clearly show typical features of the miniloop architecture. The structure is discussed in context of the extraordinary stability of the d(GCGAAGC) hairpin, which originates from a complex interplay between the aromatic base stacking and hydrogen bonding interactions.
Návaznosti
LN00A016, projekt VaVNázev: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
VytisknoutZobrazeno: 27. 1. 2023 17:53