Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí
multiplex PCR

J 2002

Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR

ORÁČOVÁ, Eva, Veronika KVARDOVÁ, Roman PANTŮČEK and Jiří DOŠKAŘ

Basic information

Original name

Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR

Name (in English)

Detection of prophages in Staphylococcus aureus strains using multiplex PCR

Authors

ORÁČOVÁ, Eva (203 Czech Republic), Veronika KVARDOVÁ (203 Czech Republic), Roman PANTŮČEK (203 Czech Republic, guarantor) and Jiří DOŠKAŘ (203 Czech Republic)

Edition

Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela, Brno, Genetická společnost Gregora Mendela, 2002, 1210-6267

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Článek v odborném periodiku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14310/02:00006635

Organization unit

Faculty of Science

Keywords in English

Bacterial Typing Techniques; DNA; Bacteriophages; Staphylococcus aureus; Lysogeny; Multiplex PCR; Prophage detection

Abstract

ORIG EN

V originále

V genomech typizačních fágů S. aureus mezinárodní řady byly vyhledány sekvence specific-ké pro fágové druhy séroskupin A (fág 3A, 5 003 bp), B (fág 53, 3 926 bp), F (fág 77, 3 398 bp) a L (fág 187, 1 927 bp). Hybridizační sondy připravené z těchto sekvencí detekují v lyzogenních kmenench S. aureus profágy příslušných fágových druhů. K usnadnění detekce profágů byly pro každou ze specifických sond stanoveny sekvence a navrženy PCR-primery, umožňující získat pro každý fágový druh amplifikační produkt charakteristické velikosti (pro fágy serologické skupiny A: 3A-F 5' CTT TGA CAT GAC ATC CGC TTG AC 3' a 3A-R 5' TAT CAG GCG AGA ATT AAG GG 3', produkt 745 bp; pro fágy serologické skupiny B: 53-F 5' ACT TAT CCA GGT GGY GTT ATT G 3' a 53-R 5' TGT ATT TAA TTT CGC CGT TAG TG 3', produkt 405 bp; pro fágy serologické skupiny F: 77-F 5' TAC GGG AAA ATA TTC GGA AG 3' a 77-R 5' ATA ATC CGC ACC TCA TTC CT 3', produkt 548 bp a pro fágy serologické skupiny L produkt 850 bp). Optimalizací sady primerů byla zavedena multiplex PCR pro přímý důkaz přítomnosti profágů jednotlivých druhů v jediné PCR-reakci. Metoda detekce profágů byla ověřena jak na uměle lyzogenizovaných kmenech připravených na našem pracovišti, tak na kmenech z klinického materiálu. S využitím této techniky byly prokázány významné rozdíly v obsahu profágů u meticilin-rezistentních kmenů. Srovnání diskriminační schopnosti několika genotypizačních metod (PFGE, ribotypizace) prokázalo, že stanovení rozdílů v obsahu profágů představuje velmi citlivou typizační metodu, která je vhodná i pro odlišení blízce příbuzných kmenů.

In English

neuvedeno

Links

GA301/02/1505, research and development project

Name: Molekulární diagnostika, epidemiologie a klasifikace klinicky významných grampozitivních koků

Investor: Czech Science Foundation, Molecular diagnostic, epidemiology and classification of pathogenic Gram positive cocci

MSM 143100008, plan (intention)

Name: Genomy a jejich funkce

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Genomes and their functions

Citovat

ORÁČOVÁ, Eva, Veronika KVARDOVÁ, Roman PANTŮČEK and Jiří DOŠKAŘ. Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR (Detection of prophages in Staphylococcus aureus strains using multiplex PCR). Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela. Brno: Genetická společnost Gregora Mendela, 2002, vol. 24, No 1, p. 37. ISSN 1210-6267.

@article{406336,
   author = {Oráčová, Eva and Kvardová, Veronika and Pantůček, Roman and Doškař, Jiří},
   article_location = {Brno},
   article_number = {1},
   keywords = {Bacterial Typing Techniques; DNA; Bacteriophages; Staphylococcus aureus; Lysogeny; Multiplex PCR; Prophage detection},
   language = {cze},
   issn = {1210-6267},
   journal = {Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela},
   note = {Genetická konference - Perspektivy genetiky, genomy a genová exprese, Brno 5.-6. 2. 2002},
   title = {Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR},
   volume = {24},
   year = {2002}
}

TY  - JOUR
ID  - 406336
AU  - Oráčová, Eva - Kvardová, Veronika - Pantůček, Roman - Doškař, Jiří
PY  - 2002
TI  - Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR
JF  - Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela
VL  - 24
IS  - 1
SP  - 37
EP  - 37
PB  - Genetická společnost Gregora Mendela
SN  - 12106267
N1  - Genetická konference - Perspektivy genetiky, genomy a genová exprese, Brno 5.-6. 2. 2002
KW  - Bacterial Typing Techniques
KW  - DNA
KW  - Bacteriophages
KW  - Staphylococcus aureus
KW  - Lysogeny
KW  - Multiplex PCR
KW  - Prophage detection
N2  - V genomech typizačních fágů S. aureus mezinárodní řady byly vyhledány sekvence specific-ké pro fágové druhy séroskupin A (fág 3A, 5 003 bp), B (fág 53, 3 926 bp), F (fág 77, 3 398 bp) a L (fág 187, 1 927 bp). Hybridizační sondy připravené z těchto sekvencí detekují v lyzogenních kmenench S. aureus profágy příslušných fágových druhů. K usnadnění detekce profágů byly pro každou ze specifických sond stanoveny sekvence a navrženy PCR-primery, umožňující získat pro každý fágový druh amplifikační produkt charakteristické velikosti (pro fágy serologické skupiny A: 3A-F 5' CTT TGA CAT GAC ATC CGC TTG AC 3' a 3A-R 5' TAT CAG GCG AGA ATT AAG GG 3', produkt 745 bp; pro fágy serologické skupiny B: 53-F 5' ACT TAT CCA GGT GGY GTT ATT G 3' a 53-R 5' TGT ATT TAA TTT CGC CGT TAG TG 3', produkt 405 bp; pro fágy serologické skupiny F: 77-F 5' TAC GGG AAA ATA TTC GGA AG 3' a 77-R 5' ATA ATC CGC ACC TCA TTC CT 3', produkt 548 bp a pro fágy serologické skupiny L produkt 850 bp). Optimalizací sady primerů byla zavedena multiplex PCR pro přímý důkaz přítomnosti profágů jednotlivých druhů v jediné PCR-reakci. Metoda detekce profágů byla ověřena jak na uměle lyzogenizovaných kmenech připravených na našem pracovišti, tak na kmenech z klinického materiálu. S využitím této techniky byly prokázány významné rozdíly v obsahu profágů u meticilin-rezistentních kmenů. Srovnání diskriminační schopnosti několika genotypizačních metod (PFGE, ribotypizace) prokázalo, že stanovení rozdílů v obsahu profágů představuje velmi citlivou typizační metodu, která je vhodná i pro odlišení blízce příbuzných kmenů.
ER  -

ORÁČOVÁ, Eva, Veronika KVARDOVÁ, Roman PANTŮČEK and Jiří DOŠKAŘ. Detekce profágů v kmenech $<$I$>$Staphylococcus aureus$<$/I$>$ pomocí multiplex PCR (Detection of prophages in Staphylococcus aureus strains using multiplex PCR). \textit{Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela}. Brno: Genetická společnost Gregora Mendela, 2002, vol.~24, No~1, p.~37. ISSN~1210-6267.

Detailed Information on Publication Record