Detailed Information on Publication Record
2003
Analýza proteomu bakterie Paracoccus denitrificans
BOUCHAL, Pavel, Petra PŘECECHTĚLOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL and Igor KUČERABasic information
Original name
Analýza proteomu bakterie Paracoccus denitrificans
Name (in English)
Analysis of proteome of bacterium Paracoccus denitrificans
Authors
BOUCHAL, Pavel (203 Czech Republic), Petra PŘECECHTĚLOVÁ (203 Czech Republic), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic) and Igor KUČERA (203 Czech Republic, guarantor)
Edition
Brno, VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků, p. 17-18, 2003
Publisher
Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně
Other information
Language
Czech
Type of outcome
Stať ve sborníku
Field of Study
10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
RIV identification code
RIV/00216224:14310/03:00007947
Organization unit
Faculty of Science
ISBN
80-210-3053-4
Keywords in English
Proteome; Paracoccus denitrificans; Membrane proteins; Two-dimensional electrophoresis; Mass spectrometry
Tags
Změněno: 6/2/2003 16:08, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
V originále
Gramnegativní bakterie Paracoccus denitrificans se vyznačuje značnou adaptovatelností na růstové podmínky: je schopna existence za podmínek aerobních či anaerobních, přičemž jako terminální akceptory může sloužit mnoho substrátů: kromě kyslíku také NO3-, NO2- či plynný N2O. Změna v expresi proteinů při přechodu z aerobních podmínek na anaerobní zřejmě souvisí s regulačními proteiny citlivými k azidu. Pro sledování všech těchto změn expresního profilu se jeví jako velice perspektivní soubor proteomických metod. Pro komplexní analýzu proteinového složení P. denitrificans byla nově zavedena metodika vysokorozlišovací dvourozměrné elektroforézy (2-DE) s imobilizovanými pH gradienty v prvním rozměru, a to jak v analytickém, tak i mikropreparativním uspořádání. Pro analýzu celobuněčného proteomu jsme vyvinuli postup přípravy vzorků a optimalizovali protokol pro jejich analýzu dvourozměrnou elektroforézou. Tento protokol může být použit např. pro srovnání změn expresního profilu vyvolaných různými terminálními akceptory. Pro metodicky velmi komplikovanou 2-DE analýzu membránových proteinů, které jsou však často funkčně důležitější, jsme srovnávali různé solubilizační postupy, přičemž byly využity v současné době nejúčinnější typy zwitteriontových detergentů. Kromě nejvhodnějšího složení vzorkového pufru zahrnuje optimalizovaný protokol také speciální pufrový systém pro SDS-PAGE. 2-DE gely získané tímto postupem byly dále srovnány s gely získanými z téhož vzorku pomocí dříve používané varianty 2-DE s nosnými amfolyty. Vypracovaným protokolem jsme sledovali vliv anaerobiosy na změny proteinového složení membrány bakterie P.denitrificans, přičemž některé z význačných proteinů na proteinové mapě již byly analyzovány MALDI-TOF hmotnostní spektrometrií a úspěšně identifikovány.
In English
Gramnegative bacterium Paracoccus denitrificans is able to grow under broad variety of conditions. Adaptation to altered conditions strongly depends on changes in expression of metabolically active proteins. For study on changes of protein levels in whole-cell extract as well as in bacterial membrane of Paracoccus denitrificans, we have developed methods based on two-dimensional electrophoresis with immobilised pH gradients. Optimization of critical points of both protocols is demonstrated. We have compared effect of anaerobiosis on protein composition of bacterial membrane using optimized method. Several proteins on protein maps were sucessfully identified using MALDI-TOF mass spectrometry.
Links
| GA203/01/1589, research and development project |
|