Other formats:
BibTeX
LaTeX
RIS
@inproceedings{484271,
author = {Bouchal, Pavel and Přecechtělová, Petra and Zdráhal, Zbyněk and Kučera, Igor},
address = {Brno},
booktitle = {VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků},
keywords = {Proteome; Paracoccus denitrificans; Membrane proteins; Two-dimensional electrophoresis; Mass spectrometry},
language = {cze},
location = {Brno},
isbn = {80-210-3053-4},
pages = {17-18},
publisher = {Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně},
title = {Analýza proteomu bakterie Paracoccus denitrificans},
year = {2003}
}
TY - JOUR
ID - 484271
AU - Bouchal, Pavel - Přecechtělová, Petra - Zdráhal, Zbyněk - Kučera, Igor
PY - 2003
TI - Analýza proteomu bakterie Paracoccus denitrificans
PB - Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně
CY - Brno
SN - 8021030534
KW - Proteome
KW - Paracoccus denitrificans
KW - Membrane proteins
KW - Two-dimensional electrophoresis
KW - Mass spectrometry
N2 - Gramnegativní bakterie Paracoccus denitrificans se vyznačuje značnou adaptovatelností na růstové podmínky: je schopna existence za podmínek aerobních či anaerobních, přičemž jako terminální akceptory může sloužit mnoho substrátů: kromě kyslíku také NO3-, NO2- či plynný N2O. Změna v expresi proteinů při přechodu z aerobních podmínek na anaerobní zřejmě souvisí s regulačními proteiny citlivými k azidu. Pro sledování všech těchto změn expresního profilu se jeví jako velice perspektivní soubor proteomických metod. Pro komplexní analýzu proteinového složení P. denitrificans byla nově zavedena metodika vysokorozlišovací dvourozměrné elektroforézy (2-DE) s imobilizovanými pH gradienty v prvním rozměru, a to jak v analytickém, tak i mikropreparativním uspořádání. Pro analýzu celobuněčného proteomu jsme vyvinuli postup přípravy vzorků a optimalizovali protokol pro jejich analýzu dvourozměrnou elektroforézou. Tento protokol může být použit např. pro srovnání změn expresního profilu vyvolaných různými terminálními akceptory. Pro metodicky velmi komplikovanou 2-DE analýzu membránových proteinů, které jsou však často funkčně důležitější, jsme srovnávali různé solubilizační postupy, přičemž byly využity v současné době nejúčinnější typy zwitteriontových detergentů. Kromě nejvhodnějšího složení vzorkového pufru zahrnuje optimalizovaný protokol také speciální pufrový systém pro SDS-PAGE. 2-DE gely získané tímto postupem byly dále srovnány s gely získanými z téhož vzorku pomocí dříve používané varianty 2-DE s nosnými amfolyty. Vypracovaným protokolem jsme sledovali vliv anaerobiosy na změny proteinového složení membrány bakterie P.denitrificans, přičemž některé z význačných proteinů na proteinové mapě již byly analyzovány MALDI-TOF hmotnostní spektrometrií a úspěšně identifikovány.
ER -
BOUCHAL, Pavel, Petra PŘECECHTĚLOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL and Igor KUČERA. Analýza proteomu bakterie Paracoccus denitrificans (Analysis of proteome of bacterium Paracoccus denitrificans). In \textit{VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků}. Brno: Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně, 2003, p.~17-18. ISBN~80-210-3053-4.
|
