Analýza polymorfismu DNA markerů u přírodních pozdně kvetoucích linii Arabidopsis thaliana

DADEJOVÁ, Martina, Pavel LÍZAL and Jiřina RELICHOVÁ. Analýza polymorfismu DNA markerů u přírodních pozdně kvetoucích linii Arabidopsis thaliana (The analysisi of DNA polymorphism in natural late flowering genotypes of Arabidopsis thaliana). In VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2003, p. 42-43. ISBN 80-210-3053-4.

Basic information

• Original name: Analýza polymorfismu DNA markerů u přírodních pozdně kvetoucích linii Arabidopsis thaliana
• Name (in English): The analysisi of DNA polymorphism in natural late flowering genotypes of Arabidopsis thaliana
• Authors: DADEJOVÁ, Martina (203 Czech Republic), Pavel LÍZAL (203 Czech Republic, guarantor) and Jiřina RELICHOVÁ (203 Czech Republic).
• Edition: 1. vydání. Brno, VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů, p. 42-43, 2 pp. 2003.
• Publisher: Masarykova univerzita v Brně

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/03:00009857
• Organization unit: Faculty of Science
• ISBN: 80-210-3053-4
• Keywords in English: Arabidopsis; polymorphism; DNA markers
• Tags: Arabidopsis, DNA markers, polymorphism

Abstract

Cílem této práce bylo určit polymorfismus u vybraných DNA markerů mezi pěti přírodními pozdně kvetoucími liniemi z jižní Moravy (Je-4, Je-18, Je-27, Je-28 a Hod) a devíti laboratorními liniemi (Col, Ler, S96, Di-G, H55, En-2, La-O, Nd-O a Ws) Arabidopsis thaliana. Výsledky budou využity pro křížení vhodných linií za účelem mapování genů způsobujících pozdnost v přírodních populacích. Určení mapové pozice genu spočívá ve stanovení četnosti rekombinace sledovaného znaku s markerem. V naší laboratoři k těmto účelům využíváme tzv. DNA markerů založených na PCR, především SSLP (simple sequence length polymorphisms) markery. Jedná se o repetitivní sekvence, jejichž počet opakování se liší u různých genotypů. Při vazbové analýze je vždy křížena rostlina s mapovaným znakem s rostlinou standardního genotypu, přičemž oba genotypy musí být v SSLP markeru vzájemně polymorfní. Polymorfismus byl sledován u třinácti mikrosatelitních markerů, které rovnoměrně pokrývají celý genom A. thaliana - nga 280, ATPASE, nga 1145, nga 168, nga 162, GAPAb, nga6, nga 1111, nga 1139, nga 1107, nga 225, nga 139 a SO191. U všech linií byla pro jednotlivé markery provedena PCR a produkty byly zviditelněny pomocí agarózové elektroforézy. Délka mikrosatelitních sekvencí u jednotlivých linií byla určena programem ANAGEL 1.2. Na základě zjištěného polymorfismu pozdních genotypů a laboratorních linií bylo navrženo pro všech pět pozdních genotypů křížení se standardem Col a Ler. Dále byla pro všechny pozdně kvetoucí genotypy (s výjimkou Je-4) navržena ještě další dvě křížení tak, aby byl při mapování pokryt celý genom.

Abstract (in English)

The main objective of this work was to determine the polymorphism of DNA markers among five natural late-flowering ecotypes from southern Moravia (Je-4, Je-18, Je-27, Je-28 a Hod) and nine laboratory lines (Col, Ler, S96, Di-G, H55, En-2, La-O, Nd-O a Ws) in Arabidopsis thaliana. The results will be used for crossing of the suitable lines in the process of mapping the genes of late flowering in the natural populations of A. thaliana For determining the map position of a gene we use DNA markers based on PCR, above all SSLP (simple sequence length polymorphisms) markers. They are composed of tandemly repeated short DNA sequences, usually polymorphic in different ecotypes. For mapping, the late-flowering plant is crossed with the plant of standard genotype, whereas both genotypes must be polymorphic in SSLP marker together. The polymorphisms have been analysed in thirteen microsatellite markers that are spread in the whole genome of A. thaliana - nga 280, ATPASE, nga 1145, nga 168, nga 162, GAPAB, nga 6, nga 1111, nga 1139, nga 1107, nga 225, nga 139 and SO191. PCR was done for all markers and the products were electrophoresed on the agarose gel. To assess the size of PCR fragments the programme ANAGEL 1.2 was used. From results crossing with laboratory lines Col and Ler was designed for all five late genotypes. Further, for all late-flowering genotypes (with the exception of Je-4) were suggested other two crosses so, that the whole genome should be covered on the mapping.

Links

• MSM 143100008, plan (intention): Name: Genomy a jejich funkce

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Genomes and their functions