Detailed Information on Publication Record
2003
Metoda přímé detekce specifických genů v koloniích bakterií
HRADECKÁ, Helena, Eva MICHALOVÁ and Vladislava RŮŽIČKOVÁBasic information
Original name
Metoda přímé detekce specifických genů v koloniích bakterií
Name (in English)
Method of direct detection of specific genes in bacterial colonies
Authors
HRADECKÁ, Helena (203 Czech Republic), Eva MICHALOVÁ (203 Czech Republic) and Vladislava RŮŽIČKOVÁ (203 Czech Republic, guarantor)
Edition
XII konference. LF MU Brno, Tomáškovy dny 2003, p. 8-8, 2003
Publisher
Mikrobiologický ústav LF MU a FN v Brně
Other information
Language
Czech
Type of outcome
Stať ve sborníku
Field of Study
Genetics and molecular biology
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
RIV identification code
RIV/00216224:14310/03:00008772
Organization unit
Faculty of Science
Keywords in English
Staphylococcus aureus; S epidermidis; S. hyicus; S intermedius; toxins
Změněno: 10/6/2003 10:51, doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.
V originále
V širokém spektru molekulárně genetických metod používaných v diagnostice klinicky významných druhů bakterií jsou nejčastěji používány metody makrorestrikční analýzy pomocí pulzní elektroforézy a PCR amplifikace sekvencí specifických genů kódujících faktory virulence. Klíčovou roli v identifikaci těchto genů hraje využití molekulárních sond a hybridizace. Na našem pracovišti byla vyzkoušena a ověřena metoda hybridizace kolonií, a to na toxinogenních kmenech bakterií rodu Staphylococcus. V této práci byly v hybridizačních experimentech použity digoxigeninem značené molekulární sondy, které jsou odvozeny ze sekvencí genů kódujících enterotoxin C (SEC) a termostabilní nukleázu (TN). Umožnily detekovat přítomnost genu sec1 a genu nuc přímo v genomu jedenácti SEC- a třinácti TN-pozitivních kmenů S. aureus. U dvou SEC negativních kmenů S. aureus a u jiných druhů stafylokoků jako jsou S. epidermidis, S. hyicus a S. intermedius, nebyly zaznamenány žádné hybridizační signály. Lze konstatovat, že tato metoda poskytuje primární informaci o přítomnosti určité sekvence v genomu jako celku. Je vhodná pro základní genetický skríning mikroorganismů, zejména ve smíšených kulturách. Metoda je výhodná z hlediska úspory času a materiálu potřebného na izolaci DNA a Southernův přenos a je dostačující tam, kde nejsou kladeny nároky na přesnou lokalizaci dané sekvence v chromozomu.
In English
Among a wide spectrum of molecular biology methods, the macrorestriction analysis using PFGE, and PCR amplification of specific genes encoding virulence factors are the most methods employed for the diagnostics of clinically significant bacterial genera. The key role play the usage of molecular probes and of the hybridization. In our department, the method of colony hybridization has been employed and verified, namely in toxinogenic strains of Staphylococcus spp. Hybridization experiments have been performed with digoxigenin-labeled molecular probes, derived from sequences of enterotoxin C (SEC) and thermostable nuclease (TN) genes. They allowed us to confirm the presence of sec1 and nuc genes directly in the genomes of eleven SEC- and thirteen TN-positive S. aureus strains. In two SEC-negative S. aureus strains and in the other staphylococci, i.e. S. epidermidis, S. hyicus and S. intermedius, no hybridization signals have been observed. It could be concluded, that this method gives the primary information about the presence of certain sequence in the whole genome. It is appropriate for the basic genetic screening of microorganism, especially in mixed cultures. The strength of this method consists in the saving of time and material, needful for the DNA isolation and the Southern blotting. Colony hybridization is sufficient in all the cases if no demand on the precise localisation of the sequence in the genome is required.
Links
| MSM 143100008, plan (intention) |
|